| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,398,648 | Δ1 bp | 5.3% | coding (1516/2727 nt) | nuoG ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,398,648 | 0 | T | . | 5.3% | 268.2 / 6.0 | 75 | coding (1516/2727 nt) | nuoG | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/35); new base . (2/2); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
TAATCGCTGTGCGTTGATGATCAACCACCATCACCAGCGGTGCTTTAGCCAGCGCAGCATTCACGCGGATAGCAGAAGCGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCGGTTAACGCTTCTTCAAGCGAACCGCCACCCATAATGCCCAGCCCCATGCTGTTGACGGAACGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTCATCAACGTTGGTAACAAACAGCGGATGCTTCGCACGTTGACCGATGTTGAGGATTGCCGCA > NC_000913/2398363‑2398919 | tagtCGCTGTGCGTTGCAGATCAACACCAATCAGCAGAGGTGCTTTGGCCGGCGCAGCATTCACGCGGATAGCAGAAGCGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAGCACCACCGCCGCGTCGGCGCGTCCGGTATCCAGTTCAGTTAACGCTTCTTCAAGCGAACCGCCACCCATAATGCCCACCCCCATGCTGTTGACGGAGCGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCCGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCGGAATCACCTCTAAGCTAcc < 1:415071/286‑1 (MQ=255) 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aCCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGcc < 1:154913/223‑1 (MQ=255) aCCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGcc > 2:154913/1‑223 (MQ=255) aCCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTg < 2:56061/239‑1 (MQ=255) 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aCCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTCATCAACGTTg > 1:7154/1‑289 (MQ=255) gTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTCATCAACGTTGGTaaca > 1:371478/1‑289 (MQ=255) gTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTCATAAACGTTGGTaaca > 2:425604/1‑289 (MQ=255) 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TAATCGCTGTGCGTTGATGATCAACCACCATCACCAGCGGTGCTTTAGCCAGCGCAGCATTCACGCGGATAGCAGAAGCGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCGGTTAACGCTTCTTCAAGCGAACCGCCACCCATAATGCCCAGCCCCATGCTGTTGACGGAACGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTCATCAACGTTGGTAACAAACAGCGGATGCTTCGCACGTTGACCGATGTTGAGGATTGCCGCA > NC_000913/2398363‑2398919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |