| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,912,201 | Δ1 bp | 7.9% | coding (1449/2235 nt) | relA ← | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,912,201 | 0 | G | . | 7.9% | 374.7 / 25.8 | 114 | coding (1449/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/52); new base . (4/5); total (57/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TTCAGCGCGGCGGCGTCCTGCTCTTCGGCACTCGGCTTATTAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGAA > NC_000913/2911917‑2912483 | ttCAGCGCGGCGGCGTCCTGCTCTTCGGCACTCGGCTTATTAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACg < 2:479118/288‑1 (MQ=255) 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aTTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACt < 2:727243/288‑1 (MQ=255) gTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGaa > 2:846298/1‑288 (MQ=255) gACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGAcc < 1:463754/250‑1 (MQ=255) | TTCAGCGCGGCGGCGTCCTGCTCTTCGGCACTCGGCTTATTAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGAA > NC_000913/2911917‑2912483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |