Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,287,037 | C→T | 13.0% | intergenic (+511/+29) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,287,037 | 0 | C | T | 13.0% | 132.7 / 9.8 | 62 | intergenic (+511/+29) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base T (2/6); total (28/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > NC_000913/1286785‑1287322 | tgcgtcggaagcctaagctgggTCGAAGAGTCTGCGCCTTCACCGTATGGGCAGAGTATTTGATTGGGGAGTCGGTTCAGGTTTCCGTTGCTTATGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGTCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtggtg < 1:855270/269‑1 (MQ=14) gttcgaggctgaCCTTGGGTGAAGCTGGACAGCCTTCGCAGTGTGTGCAGAATGTAGGATTAGGGATTCGATGGAGAATTGCGGCGCTTGTGAAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGTGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGGGCCGAACCTTGGGGGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:748616/278‑1 (MQ=14) gctcagtccGAACCTTGGTCGTAGCTTATCATCCGTGCCCGCTTGGGCAGAGTATGTGATTGCGTCTTCGTTAGAGATTTCCGGGGCTTTAGAAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCGTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGGGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATGCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:359781/281‑1 (MQ=14) gcTCCAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCTTCCCCGTTTGGGCATAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCGGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:403200/289‑1 (MQ=255) aaGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAgg > 2:652275/1‑289 (MQ=255) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTCAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:405164/289‑1 (MQ=255) aCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGGTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACt < 2:245962/288‑1 (MQ=255) 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gggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCGCTTGAGGTCGTTGCTGGCGGCAACGCCCTCTCGCGGACGCCCGCGGCGGACATTCGTCGCAGCTTCACATCCTTCCCGCCATCGGCGGTA‑TGTTTGGTTTCGAATTCGGTGGCAGGTTCAGGGACTTTTGAAAGATATGGTGGTGGGCGAAGGATTCGTCA‑CTGCTGCGGGCGTAGCGTTTAGGgttgttttc > 1:33070/1‑286 (MQ=255) cAGAACATTTGAGTGCGGATTCGTTTGAGATTGCCGGGGCTTGTGAAAGTGATGGTGTTGGGGGAAGCATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTg < 2:120613/288‑1 (MQ=255) tcatggATTGCGGCGTCGTTTGAGGATTAGGGTGCTTTGGGAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGATCGAGACGAACCTTGGGCGTAGCGTCTGATCCTTCCCCGCTGGGGCAGAA‑TATTTGATTGGGGATTCGCATGAGAGTTCGGGGACTTTTGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCaa < 1:590292/284‑1 (MQ=11) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTTGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCCGGCTGTCGCTCGCGCCGAACCTTAGTCGAAGCGTCTCAACCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TAGTGCATTGCGGATTCGCTTGGTAGTTGAGGGAGTTTTTAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGCTTCCTCA‑GTGCTACGCCCGTCGCCtttactgccgtggcgttgccgacagcactc > 1:824639/1‑261 (MQ=14) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGTGCTTCACCCTTCAGGTACTTTCTTGTGGCAACGcctct > 2:593763/1‑284 (MQ=255) tgtgtgaATGCGGGGGGTGTTGAAAGTGAGCGTGGTGGGGGAAGTGTTCGGCAGCG‑GGGGCGGTGTGTCCCTGAGGGTCGTGGGGTGGGGTATCGCTTTCTCGCCGCCGCTCGGGCCGAAACTGAGTGGTATCTTCGCAGCCGTCCCCGCATGGGCATCA‑TATTTGATTGCGGATTAGTTAGAGGGTTCAGGTACTTTTGGAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCt < 1:467166/284‑1 (MQ=9) 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tGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGc < 2:609452/289‑1 (MQ=255) tGATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTGCACCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGc < 2:133923/289‑1 (MQ=255) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GTTCTGCTCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCGATGCTCTCTCGCTGTCCCTCGAGTCGAAAATTGGTGGAATCTTCTCATCCTTCCA‑CGCATGGGCAGAATATGTTATTGCGGGTCCGTTGGGAAGTTCAGAGACTGTTGAAGGTGGTGAGGGTGGAGAATGGAGTT‑GTCTCTTCGAGCTCTAACACTGGAGATTTACAGTATGCTCCATTGGGc > 1:855772/1‑289 (MQ=9) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGACTATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTTGAAGTCGATGATGGCAGGTTTACa > 2:483704/1‑273 (MQ=255) tGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTGGAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGAGTC‑GAACCTACGAAGTCGATGACGGGAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGc > 2:502602/1‑288 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCCACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCCCATCCTTCCC‑CGCATGGGCCGAATATTTACTTGCGGCTTTTGTGGGAAGTTCGGGGACGTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGCAAGGCTTC‑CAACCTTCGAAGTCGATGACGTAAGATTAACAGTCTGCCCCTTTTTGCCGCTCg > 1:765585/1‑289 (MQ=17) cGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCg > 2:42138/1‑289 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCCCg > 2:139736/1‑289 (MQ=255) ggATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTTCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGCTGGTGGTGTGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGTTGACGGCAGCTTTACCGTCTGCTCCCCTTGGCCgaccgg > 2:364269/1‑284 (MQ=255) ggATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCgg > 2:479307/1‑289 (MQ=255) aTTGGCTTGGGAGTTCCGGGATGTTTGAAAGTGATGTTGGTGGGGGTAGGATTACTCA‑GCGCTGGGCGCTTCGGCCATCGAGTCGTTGCATGTGGTAACGCGCGCTCGCTGGCTATCGGGTCGAGCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCggg < 1:10928/288‑1 (MQ=18) aTTAGCTTGAGAGTTCGGTGACTTGAGAAAGTGATAGTGGTGGGGGAGGGATTAATCA‑GGGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGGATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCggg < 2:49055/288‑1 (MQ=18) tCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 2:674421/289‑1 (MQ=255) | TGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAA‑TATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCA‑GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCC‑CGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTC‑GAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > NC_000913/1286785‑1287322 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |