| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,803,650 | C→T | 3.5% | V163I (GTC→ATC) | waaB ← | lipopolysaccharide 1,6‑galactosyltransferase, UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,803,650 | 0 | C | T | 3.5% | 391.1 / 3.0 | 113 | V163I (GTC→ATC) | waaB | lipopolysaccharide 1,6‑galactosyltransferase, UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/49); new base T (2/2); total (62/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCACTTTTTCAATATCTTGCTGGACCAATTCCCAGGGATATTGTTGCCAACCATACCAGACAATTCGATCATCAATATTTAATTCTCTACCATAAGCCTGGCATTTTTCGAAATCGGAGCCATCACCCAATACATGGAGTTTCCAGTTACCTTTCGCTTGTGATAAGCCATCAAGCAGGTCTTTAACTCTTTTCTGGCCTTCAAATTTCATACGCCCAACATAAATAAACGTTGCCGTTTCACCTTCCTCGGGCGCGGGAATGACTGAGTCTTTAGTTTCGACGGGATTAAAAATAACATTTATCGTCGATTCTGCTACACCTCGATTAATCATTTGCTGTTTAATGCCAGAGCTGATTGCTAAATGATAGTCGGCACAGGTGATATATTCAGCATGTTTTTTGTGATCTAAAGAAAAATGTGGCCATGAAAATACTGGCATATCAATTCCTGATTTTTTACGTGCTTTTGCGGCAAACAGGCAGGAGATCACATCAATACAAATAACGATATCTGGTTGGTACTCCTGAAGCCATTTACTTAGAGCATGAATATGTTTCGCCCGACGCA > NC_000913/3803368‑3803937 | tcactTTTTCAATATCTTGCTGGACCAATTCCCAGGGATATTGTTGCCAACCATACCAGACAATTCGATCATCAATATTTAATTCTCTACCATAAGCCTGGCATTTTTCGAAATCGGAGCCATCACCCAATACATGGAGTTTCCAGTTACCTTTCGCTTGTGATAAGCCATCAAGCAGGTCTTTAACTCTTTTCTGGCCTTCAAATTTCATACGCCCAACATAAATAAACGTTGCCGTTTCACCTTCCTCGGGCGCGGGAATGACTGAGTCTTTAGTTTCGACGGGAtt > 2:137283/1‑289 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TCACTTTTTCAATATCTTGCTGGACCAATTCCCAGGGATATTGTTGCCAACCATACCAGACAATTCGATCATCAATATTTAATTCTCTACCATAAGCCTGGCATTTTTCGAAATCGGAGCCATCACCCAATACATGGAGTTTCCAGTTACCTTTCGCTTGTGATAAGCCATCAAGCAGGTCTTTAACTCTTTTCTGGCCTTCAAATTTCATACGCCCAACATAAATAAACGTTGCCGTTTCACCTTCCTCGGGCGCGGGAATGACTGAGTCTTTAGTTTCGACGGGATTAAAAATAACATTTATCGTCGATTCTGCTACACCTCGATTAATCATTTGCTGTTTAATGCCAGAGCTGATTGCTAAATGATAGTCGGCACAGGTGATATATTCAGCATGTTTTTTGTGATCTAAAGAAAAATGTGGCCATGAAAATACTGGCATATCAATTCCTGATTTTTTACGTGCTTTTGCGGCAAACAGGCAGGAGATCACATCAATACAAATAACGATATCTGGTTGGTACTCCTGAAGCCATTTACTTAGAGCATGAATATGTTTCGCCCGACGCA > NC_000913/3803368‑3803937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |