Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,005,738 | T→A | 3.2% | intergenic (+8/‑125) | pldA → / → recQ | outer membrane phospholipase A/ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,005,738 | 0 | T | A | 3.2% | 471.9 / 3.2 | 125 | intergenic (+8/‑125) | pldA/recQ | outer membrane phospholipase A/ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/55); new base A (2/2); total (68/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACCCGTGTCGGTGTGGGGGTTATGCTAAACGATTTGTTTTGATGAACGGTTGAGTGGTTGGCAAATCTGGAATCCAGCATCCAGGATTACCCTCTCAGAGACTAAAAGCATTGCAGTTTCTCGCGCAGGCGCTGAAAATAGCGCCTGTTTTTATTTCAGGCAATCGGGGTGAATGTGGCGCAGGCGGAAGTGTTGAATCTGGAGTCCGGAGCTAAACAGGTTTTACAAGAAACCTTTGGCTACCAACAGTTTCGCCCCGGCCAGGAAGAAATTATCGACACTGTGCTTTCCGGCCGCGATTGCCTCGTCGTCATGCCCACTGGTGGCGGAAAA > NC_000913/4005458‑4006021 | ggTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACCCGTGTCGGTGTGGGGGTTATGCTAAACGATTTGTTTTGATGAACGGTTGAGTGGt > 1:229830/1‑289 (MQ=255) ggTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACCCGTGTCGGTGTGGGGGTTATGCTAAACGATTTGTTTTGATGAACGGTTGAGTGGt > 2:227880/1‑289 (MQ=255) gTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACCCGTGTCGGTGTGGGGGTTATGCTAAACGATTTGTTTTGATGAACGGTTGAGTGGtt > 1:34153/1‑289 (MQ=255) gTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACCCGTGTCGGTGTGGGGGTTATGCTAAACGATTTGTTTTGATGAACGGTTGAGTGGtt > 2:392661/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |