| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,346,817 | A→T | 5.3% | Y171N (TAC→AAC) | fumB ← | anaerobic class I fumarate hydratase (fumarase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,346,817 | 0 | A | T | 5.3% | 305.5 / 4.7 | 87 | Y171N (TAC→AAC) | fumB | anaerobic class I fumarate hydratase (fumarase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/46); new base T (3/2); total (39/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CTGACCATGTTCGTTCCCTTCCGTCGGCAGTTCATCGTAATAGTGAGCGCTTGCTAACTTGACGGTTTTCAGGTTGGTTTCCGCAGACGTACCGCCAATCAC‑AAACGCGATATGGTACGGCGGGCAGGCTGCAGTACCGAGGGTACGCATTTTCTCGACGAGGAAGTTTTTCAGTTTGCCGGGAGTCAGCAGGGCTTTGGTTTCCTGGTAGAGATACGTTTTGTTGGCAGAGCCGCCGCCTTTCGCAACGCAAAGGAATTTGTACTCATCGCCATCTACCGCGTACAGGTCGATTTGCGCAGGCAGGTTAGTGCCGGTGTTGACCTCTTTGTACATGTCCAGCGCCGCATTCTGTGAATAGCGCAGGTTATCTTCGATATAGGTGTTATAGACGCCTTTCGACAGCGTTTCTTCATCACCGCCGCCGGTCCACACGCGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAGTTTCTTAAGAATTGCAGCGCCACGTACTTGTCGTTTTCGCTGGCTTCTGGA > NC_000913/4346533‑4347100 | cTGACCATGTTCGTTCCCTTCCGTCGGCAGTTCATCGTAATAGTGAGCGCTTGCTAACTTGACGGTTTTCAGGTTGGTTTCCGCAGACGTACCGCCAATCAC‑AAACGCGATATGGTACGGCGGGCAGGCTGCAGTACCGAGGGTACGCATTTTCTCGACGAGGAAGTTTTTCAGTTTGCCGGGAGTCAGCAGGGCTTTGGTTTCCTGGTAGAGATACGTTTTGTTGGCAGAGCCGCCGCCTTTCGCAACGCAAAGGAATTTGTACTCATCGCCATCTACCGCGTACAgg > 1:559938/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |