Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,039,661 | T→C | 4.0% | G122G (GGT→GGC) | cbdB → | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,039,661 | 0 | T | C | 4.0% | 351.4 / 3.5 | 101 | G122G (GGT→GGC) | cbdB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/45); new base C (2/2); total (54/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.71e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGT‑GCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGC > NC_000913/1039374‑1039948 | ggATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTc < 2:786688/289‑1 (MQ=255) tGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCgg < 2:735152/289‑1 (MQ=255) cTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGt < 2:499530/288‑1 (MQ=255) gTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTgcc > 2:192839/1‑289 (MQ=255) 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tgGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGT‑GCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCt > 1:86738/1‑289 (MQ=255) tCTGTTCACTGGCAGTTTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTAGCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGT‑GCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGc < 1:293071/288‑1 (MQ=255) tCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGT‑GCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGc < 1:490629/288‑1 (MQ=255) | GGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGT‑GCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGC > NC_000913/1039374‑1039948 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |