| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 3 (0.040) | 124 (1.680) | 69/282 | 0.0 | 97.6% | intergenic (‑271/‑267) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | intergenic (‑5/+146) | wbbL/insH1 | pseudogene, lipopolysaccharide biosynthesis protein/IS5 transposase and trans‑activator | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979626‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGG < 1:311217/143‑1 ccCTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAA < 1:776584/141‑1 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TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:387690/1‑143 tcTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGGAGA‑TTTTTCTCGGCTTATGTGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTAT > 2:293178/3‑143 tacAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCTGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCGTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:1262712/140‑1 gttgGGGAAGTGGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGCGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:1026670/139‑1 cTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTGGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTGTTTAGACCGTTTCTTCGCCCTTTAAGGGGTTAga > 2:283142/2‑141 ATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCGTTTACGGCGTTATC > 2:354454/1‑143 ATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 2:67142/143‑1 ATTAGGGAAGGGGCGAATGAGCGGGGAGGTTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCGGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAACCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:1183713/143‑1 tcAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGTCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 1:932914/141‑1 tcAGGCAAGGTGCGAATAAGCGGGTAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCCTGTTTGTGCCAACGTGTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 1:453788/141‑1 TTAGGGAAGGTGCGCATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:435032/143‑1 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:576282/143‑1 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:639934/143‑1 cAGGGACGGTGCCAATAAGCGGCGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:152247/142‑1 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGTGTAAATTCTTCTCGTCTGACTCAGTCATTTCATATCTCCACGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:305480/143‑1 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC > 2:333478/1‑143 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 2:267728/143‑1 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:805040/143‑1 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > 2:1255533/1‑143 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTCAAGGCGTTATCCCCA > 1:334487/1‑143 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979626‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC‑CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |