New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1692373 = | 80 (0.930) | 4 (0.050) | 4/496 | NT | 4.8% | coding (479/1266 nt) | uidC | putative outer membrane porin for beta‑glucuronides porin protein |
? | NC_000913 | 2101750 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+145) | wbbL/insH1 | pseudogene, lipopolysaccharide biosynthesis protein/IS5 transposase and trans‑activator |
AGCAACTCCCCTTTCAACGTATAATTCGGGTCGAGCGGTATGCTTTTCTCGAGAATACTTTGTATCTGATTGGAAACATCTTTCTGTACCGATGCCCCCAGAGAATAGCGACTGGTATCATCATGCCAACTGGCGGCTAAAAAAGAACGTGCGCGATGTTTATCGTATTTTCCCGTCTGGCTGTTATACACCCCTTCATCACGAATACCGGTTGTTGAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTGCCAGCCATTAACGGAATACGATAAGGTAAGCTACCATAACTATAATCCGTCCCGAAGCGACCTAATTTAAGCAGGCTATTTTCACTGGGTTTTATTTTTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACC > NC_000913/1692085‑1692647 | gcatcatcaagcgacagttcggcttcgtgaaagccagatacaaggggttgctgaaaaacgataaccaactggcgatgttattcacgctggccaacctgtttcgggcggaccaaatgatacgtcagtgggagagatctcactaaaaactggggataacgccttaaatggcgaagaaacggtctaaataggctgattcaaggcatttacgggagaaaaaatcggctcaaacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttcc > 2:592158‑M1/289‑289 (MQ=255) catcatcaagcgacagttcggcttcgtgaaagccagatacaaggggttgctgaaaaacgataaccaactggcgatgttattcacgctggccaacctggttctggcggaccaaatgatacgtcagtgggagagatctcactaaaaactggggataacgccttaaatggcgaagaaacggtctaaataggctgattcaaggcatttacgggagaaaaaatcggctcaaacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttcc > 2:211396‑M1/288‑288 (MQ=255) cTTTCAACGTATAATTCGGGTCGAGCGGTATGCTTTTCTCGAGAATACTTTGTATCTGATTGGAAACATCTTTCTGTACCGATGCCCCCAGAGAATAGCGACTGGTATCATCATGCCAACTGGCGGCTAAAAAAGAACGTGCGCGATGTTTATCGTATTTTCCCGTCTGGCTGTTATACACCCCTTCATCACGAATACCGGTTGTTGAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCt > 1:758279/1‑287 (MQ=255) cTTTCAACGTATAATTCGGGTCGAGCGGTATGCTTTTCTCGAGAATACTTTGTATCTGATTGGAAACATCTTTCTGTACCGATGCCCCCAGAGAATAGCGACTGGTATCATCATGCCAACTGGCGGCTAAAAAAGAACGTGCGCGATGTTTATCGTATTTTCCCGTCTGGCTGTTATACACCCCTTCATCACGAATACCGGTTGTTGAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTcc < 1:450142/289‑1 (MQ=255) 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> 2:127140‑M1/50‑289 (MQ=255) aaCGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTGCCAGCCATTAACGGAATACGATAAGGTAAGCTACCATAACTATAATCCGTCCCGAAGCGACCTAATTTAAGCAGGCTATTTTCACTGGGTTTTATTTTTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGccc > 2:182619/1‑288 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTGCCAGCCATTAACGGAATACGATAAGGTAAGCTACCATAACTATAATCCGTCCCGAAGCGACCTAATTTAAGCAGGCTATTTTCACTGGGTTTTATTTTTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGCCCCGCCTTCAAc < 1:423159/289‑1 (MQ=255) cccACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTGCCAGCCATTAACGGAATACGATAAGGTAAGCTACCATAACTATAATCCGTCCCGAAGCGACCTAATTTAAGCAGGCTATTTTCACTGGGTTTTATTTTTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATACACCTCATACGCCCCGCCTTCAAccc > 2:139726/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |