| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,096,121 | A→T | 4.7% | T93T (ACA→ACT) | ycdU → | putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,096,121 | 0 | A | T | 4.7% | 311.5 / 4.6 | 85 | T93T (ACA→ACT) | ycdU | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/42); new base T (2/2); total (41/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
TTCAAATGATTCCTGATTATTTAACTTTTATTCGCTTTCAGGATAAACGAAATCTGATATACATTTATGCTATTGGACTTATTCTGATAGGCTTTTATTGGAAGAATGCAGGGTTTACTTTTCCATCAGAGGATATTGGTGTAGTTAGTGGGATTCTGGCTCTGGTGCTGTATAATTTTATTTTTGATCTCAAGGCGTACTGGGCTTATAAATGCGTCACGAAGAATATCGATTTTTCGTGGTTTAAGAAAAAGCAGAACCACAAAATAGAATTATTTCTTACACAACCTCTGGTGGCAGGATTTCTGTCGTTAATCATGTTGAGTGCAATGAGTTGGGGGCTATACCAGCTTCTACCCTCGTTATATGCGCTGTTCCTGATTTCGTTACTTGGGCCGTTGGTCATCTTTCTGCTGTTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCG > NC_000913/1095838‑1096391 | ttCAAATGATTCCTGATTATTTAACTTTTATTCGCTTTCAGGATAAACGAAATCTGATATACATTTATGCTATTGGACTTATTCTGATAGGCTTTTATTGGAAGAATGCAGGGTTTACTTTTCCATCAGAGGATATTGGTGTAGTTAGTGGGATTCTGGCTCTGGTGCTGTATAATTTTATTTTTGATCTCAAGGCGTACTGGGCTTATAAATGCGTCACGAAGAATATCGATTTTTCGTGGTTTAAGAAAAAGCAGAACCACAAAATAGAATTATTTCTTACACAAc > 2:747701/1‑288 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |