| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,678,024 | C→T | 100% | intergenic (‑121/‑403) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,678,024 | 0 | C | T | 98.3% | 202.8 / ‑4.4 | 57 | intergenic (‑121/‑403) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (23/33); total (23/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAATCACTACTTAACATTAAATTAACTTATACAATTCAGTTGCTTCAGTAGTAATGATGCTGATACGGCTGTTTTTTAAGCATAGACGGTCATTTGAGCAGGATTAAAATT > NC_000913/1677738‑1678302 | cAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGt > 2:522269/1‑289 (MQ=255) cGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGaaa > 2:397781/1‑289 (MQ=255) ttGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGACAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAAtt < 2:597158/289‑1 (MQ=255) cAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCa < 2:219467/289‑1 (MQ=255) aaaCTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCt < 2:594605/273‑1 (MQ=255) aaaCTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCt > 1:594605/1‑273 (MQ=255) gCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAg > 2:288166/1‑289 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATa < 2:330837/148‑1 (MQ=255) cGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATa > 1:330837/1‑148 (MQ=255) cGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAATCACTACTTAACATTAAATTAACTTATACAATTCAGTTGCTTCAGTAGTAATGATGCTGATACGGCTGTTTTTTAAGCATAGACg < 1:330340/289‑1 (MQ=255) aatTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGc > 2:131915/1‑83 (MQ=255) aatTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGc < 1:131915/83‑1 (MQ=255) 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tataATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAATCa < 2:647103/179‑1 (MQ=255) | CAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAATCACTACTTAACATTAAATTAACTTATACAATTCAGTTGCTTCAGTAGTAATGATGCTGATACGGCTGTTTTTTAAGCATAGACGGTCATTTGAGCAGGATTAAAATT > NC_000913/1677738‑1678302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |