| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,158,626 | G→A | G253D (GGC→GAC) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,626 | 0 | G | A | 95.5% | 137.7 / ‑1.9 | 44 | G253D (GGC→GAC) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (22/20); total (23/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
CTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGCCGATCGAG > NC_000913/1158481‑1158771 | cTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACtt > 6:22937/1‑149 (MQ=255) gTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTc < 7:114280/147‑1 (MQ=255) tACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTg < 5:115788/149‑1 (MQ=255) ggTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAAt > 6:124684/1‑149 (MQ=255) gTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATg > 7:27201/1‑149 (MQ=255) gCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTg > 8:111295/1‑136 (MQ=255) gCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTg < 7:111295/136‑1 (MQ=255) caccacATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACgg > 8:129742/1‑149 (MQ=255) cacaTCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCaaa < 5:66022/138‑1 (MQ=255) cacaTCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCaaa > 6:66022/1‑138 (MQ=255) caTCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGc < 7:129742/149‑1 (MQ=255) caTCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACCGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGc < 5:76465/149‑1 (MQ=255) gAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGc < 8:27201/147‑1 (MQ=255) gAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTg > 8:128075/1‑149 (MQ=255) cGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCg < 8:85892/149‑1 (MQ=255) tACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGc > 3:22418/1‑148 (MQ=255) cTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAAtt < 5:22937/149‑1 (MQ=255) tCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTg < 5:124684/147‑1 (MQ=255) cAGATGCAGATTCCTGAATACACCAACTCAGCAGGTCAGCTTATCCACACCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTa > 1:127744/1‑122 (MQ=255) gtaGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCa > 3:80543/3‑127 (MQ=255) gtaGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCa < 4:80543/125‑1 (MQ=255) gCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTgg > 1:47532/1‑148 (MQ=255) acCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGTCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAg > 2:18725/1‑148 (MQ=255) acCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAg > 1:80179/1‑148 (MQ=255) ccAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGaa < 4:22418/149‑1 (MQ=255) cGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGGGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAAcc < 5:120794/149‑1 (MQ=255) cagcagGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACcgc > 2:174012/1‑149 (MQ=255) gtcaggtTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGa > 1:135047/1‑147 (MQ=255) caggtTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGt > 5:169940/1‑149 (MQ=255) gtTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTggg > 4:135946/1‑149 (MQ=255) tCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCgg < 2:47532/148‑1 (MQ=255) ggCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGtattat > 2:96514/1‑149 (MQ=255) tCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCcg > 1:29211/1‑149 (MQ=255) ttATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGgcgc > 6:109782/1‑149 (MQ=255) cccGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGa > 1:80855/1‑149 (MQ=255) cccGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGa < 2:80855/149‑1 (MQ=255) ccGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGAc < 6:169940/149‑1 (MQ=255) cGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGAcc < 2:29211/149‑1 (MQ=255) cGGGTAAACTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATc < 5:109782/149‑1 (MQ=255) aCTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGc < 2:80179/149‑1 (MQ=255) aCTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGc < 7:128075/149‑1 (MQ=255) cTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGcc > 3:115807/1‑149 (MQ=255) cTGTCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGcc > 5:16500/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGACTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGCCGa < 2:135047/148‑1 (MQ=255) gtgaCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGt < 6:160783/131‑1 (MQ=255) gtgaCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGCCGATc < 1:96514/146‑1 (MQ=255) gtgaCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGCCGATCGAg > 1:138784/1‑149 (MQ=255) gtgaCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACAGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGt > 5:160783/1‑131 (MQ=255) | CTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTATCTGGCACTCTGCTAAACCAGAAAACCGCGCGAAAGTGGGCGGTATTATGATCTCCGCGGCGCTGACCTCGTTCCTGACCGGTATCACCGAGCCGATCGAG > NC_000913/1158481‑1158771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |