| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,030,251 | C→T | 5.4% | A241T (GCA→ACA) | fadB ← | fused 3‑hydroxybutyryl‑CoA epimerase/delta(3)‑cis‑delta(2)‑trans‑enoyl‑CoA isomerase/enoyl‑CoA hydratase/3‑hydroxyacyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,030,251 | 0 | C | T | 5.4% | 243.4 / 2.6 | 74 | A241T (GCA→ACA) | fadB | fused 3‑hydroxybutyryl‑CoA epimerase/delta(3)‑cis‑delta(2)‑trans‑enoyl‑CoA isomerase/enoyl‑CoA hydratase/3‑hydroxyacyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/37); new base T (2/2); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
CAGTGCGCGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCTTTCCAGTCGAGGTCGCCGTTAATGGCCTGGCGTAAAACCGCCTTTGCGCCTTCAACC > NC_000913/4030105‑4030393 | cAGTGCGCGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGTCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCg < 5:141101/148‑1 (MQ=255) gTGCGCGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGAc < 2:158683/148‑1 (MQ=255) tGCGCGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAACCGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTTATTGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTTTGCGAcc < 6:128843/148‑1 (MQ=255) gcgcGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGa > 3:177599/1‑145 (MQ=255) gcgcGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGa < 4:177599/145‑1 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCt > 7:333145/1‑148 (MQ=255) ttGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAATGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTAGTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGa < 3:20582/148‑1 (MQ=255) gTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATgg > 7:122098/1‑148 (MQ=255) tATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGt > 8:146744/1‑148 (MQ=255) gcgcCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTg > 1:349669/1‑146 (MQ=255) cgcCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGCCCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAg > 3:264374/1‑148 (MQ=255) cgcCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAg > 6:187511/1‑148 (MQ=255) gcCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGc > 7:319296/1‑148 (MQ=255) gcCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGc > 6:19110/1‑148 (MQ=255) cAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTc < 8:333145/148‑1 (MQ=255) gCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCAt < 2:349669/148‑1 (MQ=255) gACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCt > 2:340580/1‑124 (MQ=255) gACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCt < 1:340580/124‑1 (MQ=255) aaCTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACAAAAACGGGCCTAAGCTTCAATGGTTTTTACTTCGTTGATGGGTGCAGGATAAAGTTTCACATCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGATATGGTGAAGCTCATGGTGCCtt > 5:290772/1‑147 (MQ=255) aCTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCATAAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTc > 6:236991/1‑147 (MQ=255) cTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCaa > 7:102787/1‑148 (MQ=255) ttGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATc < 4:264374/147‑1 (MQ=255) cAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAg < 8:102787/147‑1 (MQ=255) gTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt < 8:43160/148‑1 (MQ=255) gTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt < 6:146468/148‑1 (MQ=255) tttAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCATCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTATTTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCATTCATGCTCACtta > 6:353899/1‑145 (MQ=255) tttAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATc < 2:218400/135‑1 (MQ=255) tttAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATc > 1:218400/1‑135 (MQ=255) tttAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGttt > 6:155672/1‑146 (MQ=255) tttAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTa < 7:146744/148‑1 (MQ=255) tAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt < 6:307011/145‑1 (MQ=255) tAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt > 5:307011/1‑145 (MQ=255) aaGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCAtg > 4:333487/1‑120 (MQ=255) aaGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCAtg < 3:333487/120‑1 (MQ=255) aGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTg < 5:187511/147‑1 (MQ=255) cttcttCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTc > 6:164263/1‑148 (MQ=255) cttcACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAg > 1:28752/1‑139 (MQ=255) cttcACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAg < 2:28752/139‑1 (MQ=255) cttcACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAg > 1:85077/1‑148 (MQ=255) cAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTg < 5:155672/148‑1 (MQ=255) aaaCGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGAc > 1:46649/1‑148 (MQ=255) aaaCGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGAc > 5:98499/1‑148 (MQ=255) aaCGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCAt > 4:158047/1‑100 (MQ=255) aaCGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCAt < 3:158047/100‑1 (MQ=255) gacgatgCTTCAATGGTTTTTACTGCGTGTATGTGGGCAGGATTATGTTTACCTGCTTTCTGTGCGACCATCCCTTTAGCGTTGGTGTAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGATAAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTg < 6:290772/142‑1 (MQ=255) cAGCTTCAATGTTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGGTTCGCGGCTGTTTGTGCGAGCATCCCTTTTGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGGTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCttt < 5:236991/148‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTTTCTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTTTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTGATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCTTTCCAGTCg < 5:353899/148‑1 (MQ=255) ggTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGTGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt > 6:247868/1‑106 (MQ=255) ggTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGTGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt < 1:193045/106‑1 (MQ=255) ggTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGTGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt > 2:193045/1‑106 (MQ=255) ggTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGTGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGtttt < 5:247868/106‑1 (MQ=255) gTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCTTTCCAGTCGAgg < 2:46649/147‑1 (MQ=255) gTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCCTTCCAGTCGAgg < 5:164263/147‑1 (MQ=255) cTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCTTTCCAGTCGAGGTCGCCGtt < 5:19110/148‑1 (MQ=255) tGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCTTTCCAGTCGAGGTCGCCGTTAATGGc < 8:122098/148‑1 (MQ=255) 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CAGTGCGCGGGCTTCGTTGGTATGCGCCAGCGGGACAAAACTTTTGTTTTCCAGGTTTAAGGCTTCTTCACGACCAAAACGGGCCGCAGCTTCAATGGTTTTTACTGCGGTGATGGGGGCCGGATAATGTTTCCCCGCTGTTTGTGCGACCATCCCTTTAGCGATGGTGAAGCTCATGGTGGCTTCAATCTTGCTCAGTTTTAGTGGTTCCAGCTTCGGCTGACGTTTTGCTTTCCAGTCGAGGTCGCCGTTAATGGCCTGGCGTAAAACCGCCTTTGCGCCTTCAACC > NC_000913/4030105‑4030393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |