| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,569,308 | A→G | 6.3% | L394L (CTT→CTC) | gadC ← | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,569,308 | 0 | A | G | 6.3% | 195.1 / 2.9 | 63 | L394L (CTT→CTC) | gadC | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/28); new base G (2/2); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GGTAGAATCACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGGATGATCAACGCGATAGACGTAATCA > NC_000913/1569164‑1569450 | ggTAGAATCACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGa < 2:211291/148‑1 (MQ=255) gTAGAATCACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGaa > 3:320602/1‑148 (MQ=255) tAGAATCACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGATGGAAACAATACACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGCCAATTGCCCCGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTGTTAAGTCAGGATGTGTAAGaag > 2:108648/1‑147 (MQ=255) tCACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAaca > 1:22920/1‑148 (MQ=255) cACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTGAGAACCAaca > 1:280267/1‑147 (MQ=255) cACCCTGGATCTTATCCGTCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAAATGAAGTCAGCAGAACGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATTTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTGAGAACCAaca > 3:25179/1‑147 (MQ=255) cccTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACaa < 8:382352/148‑1 (MQ=255) ggATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATg > 1:321407/1‑146 (MQ=255) ggATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATg > 7:344225/1‑146 (MQ=255) aTCCGGCGGCAGGAATGAAACTATAAACGCCATAATTGTAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGTATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTGAGAACCAACACAATGTAGCCAAt < 4:25179/147‑1 (MQ=255) aTCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTGAGAACCAACACAATGTAGCCAAt < 2:280267/147‑1 (MQ=255) gaaggaaACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCa < 6:277082/119‑1 (MQ=255) gaaggaaACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCa > 5:277082/1‑119 (MQ=255) aaggaaACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAAt < 2:22920/148‑1 (MQ=255) ggaaACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCAACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAAt > 1:216329/1‑146 (MQ=255) aaaCAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGc < 1:334630/148‑1 (MQ=255) aTTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACAAAATTTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATcacca < 4:279869/148‑1 (MQ=255) ttGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTa < 5:209704/89‑1 (MQ=255) ttGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTa > 6:209704/1‑89 (MQ=255) cagACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGcc < 2:216329/148‑1 (MQ=255) cagACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGcc < 4:320602/148‑1 (MQ=255) cagACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGcc < 5:18676/148‑1 (MQ=255) aCCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGt > 2:263818/1‑148 (MQ=255) ccGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATa < 3:257311/125‑1 (MQ=255) ccGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATa > 4:257311/1‑125 (MQ=255) gACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGc > 7:69632/1‑147 (MQ=255) cAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGAt > 6:297682/1‑148 (MQ=255) gCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATACACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCagg < 8:292387/147‑1 (MQ=255) ccACGACCAGTTTCCCCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCagg > 8:383114/1‑146 (MQ=255) ccACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCaggaa < 8:344225/148‑1 (MQ=255) ccACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCACGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGATAAAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCaggaa < 1:108648/148‑1 (MQ=255) cAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtg < 8:69632/148‑1 (MQ=255) cAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtg < 2:321407/148‑1 (MQ=255) gTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtgtt > 8:367945/1‑148 (MQ=255) ttCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATaa > 8:53996/1‑105 (MQ=255) ttCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATaa < 7:53996/105‑1 (MQ=255) ttCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCaggaagg < 8:16511/139‑1 (MQ=255) ttCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCaggaagg > 7:16511/1‑139 (MQ=255) cACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtgtt < 8:50394/144‑1 (MQ=255) cACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtgtt > 7:50394/1‑144 (MQ=255) aCCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTa < 1:263818/147‑1 (MQ=255) tttACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGcc < 7:47942/115‑1 (MQ=255) tttACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGcc > 8:47942/1‑115 (MQ=255) ttACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCAc > 1:99868/1‑148 (MQ=255) accaccAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGa < 6:298777/77‑1 (MQ=255) accaccAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGa > 5:298777/1‑77 (MQ=255) caccaGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGt < 2:99868/148‑1 (MQ=255) caccaGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGt < 7:367945/148‑1 (MQ=255) aGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATa > 4:306769/1‑75 (MQ=255) aGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATa < 3:306769/75‑1 (MQ=255) gggATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCG‑CAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGt > 1:315975/1‑148 (MQ=255) atTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAg > 8:102396/1‑147 (MQ=255) tAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGgat > 8:246362/1‑148 (MQ=255) aaaTGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGgat > 5:326007/1‑147 (MQ=255) aTGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGGACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGgatgat > 5:115973/1‑148 (MQ=255) tgtgCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCa > 3:249783/1‑89 (MQ=255) tgtgCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCa < 4:249783/89‑1 (MQ=255) gCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCATTAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGGATGATCAAc > 6:378032/1‑148 (MQ=255) tttAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTa > 7:347067/1‑114 (MQ=255) tttAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTa < 8:347067/114‑1 (MQ=255) tttAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGGATGATCAACGCGa > 4:12771/1‑148 (MQ=255) aaGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCG‑CAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGGATGATCAACGCGATAg < 2:315975/147‑1 (MQ=255) tCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtgtt > 2:237859/1‑104 (MQ=255) tCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACAtgtt < 1:237859/104‑1 (MQ=255) gTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGGATGATCAACGCGATAGACGTAATCa > 1:209894/1‑147 (MQ=255) | GGTAGAATCACCCTGGATGTTATCCGGCGGCAGGAAGGAAACAATAAACGCCATAATTGAAGTCAGCAGACCGACAATTGCCACGACCAGTTTCACCCCTTTACCACCAGGGATATTAAATGTGCGTTTTAAGTCAGGATGTTTAAGAACCAACACAATGTAGCCAATAAACAGCATGAAATAAGCACACAGATAAATCACCACCGTCAGCGCCAGTGCGATCAGGAAGGACATGTTGTTACCGCCACCGGTATTGGTGAGGATGATCAACGCGATAGACGTAATCA > NC_000913/1569164‑1569450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |