| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,562,212 | C→T | 8.8% | A67V (GCG→GTG) | glpD → | sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,562,212 | 0 | C | T | 8.8% | 174.6 / 5.8 | 57 | A67V (GCG→GTG) | glpD | sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/26); new base T (3/2); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GCGGCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGATCATCTGGGTAA > NC_000913/3562067‑3562350 | gcgGCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGgcgc < 3:139066/148‑1 (MQ=255) ggCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCgctg > 5:197269/1‑148 (MQ=255) aCGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCgctggctg > 5:286648/1‑147 (MQ=255) gcTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTg < 1:2115/148‑1 (MQ=255) ctagACGCGGTTTATCCTTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGAGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCTCGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCTAGGCGGTGGCTGAACGTGa < 4:91806/145‑1 (MQ=255) cgcgGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGtgc > 5:294777/1‑148 (MQ=255) ggTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGtgctgc > 1:200094/1‑148 (MQ=255) ggTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGtgctgc < 5:35193/148‑1 (MQ=255) tttATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGctgctg < 1:396905/148‑1 (MQ=255) tCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGaaa < 2:200094/147‑1 (MQ=255) tCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGaaa < 6:294777/147‑1 (MQ=255) tCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGaaa < 6:286648/147‑1 (MQ=255) tCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGaaa < 2:398473/147‑1 (MQ=255) cGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAAt < 8:216171/147‑1 (MQ=255) gCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGcc > 7:236963/1‑148 (MQ=255) tGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCa > 7:325221/1‑148 (MQ=255) gCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCa > 2:235193/1‑147 (MQ=255) aTCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGc > 1:272365/1‑139 (MQ=255) aTCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGc < 2:272365/139‑1 (MQ=255) cTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGttt < 7:104273/148‑1 (MQ=255) cTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGttt < 8:236963/148‑1 (MQ=255) cgcgACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGTGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGc > 8:188953/1‑148 (MQ=255) cgcgACCTCTTCCGACAGTTCAAAACTCATTCACGGTTGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGGGAGGTGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTACGc > 4:101873/1‑148 (MQ=255) gcgACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGcc < 6:342457/148‑1 (MQ=255) tctTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACGTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTAAGCGAGGCGCGGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATGGCCTTCCCGATGCGGTTTCGCCTGCca > 6:310893/1‑147 (MQ=255) aGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGc < 8:325221/148‑1 (MQ=255) tCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGgc < 8:326069/65‑1 (MQ=255) tCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGgc > 7:326069/1‑65 (MQ=255) tCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCg > 7:10567/1‑117 (MQ=255) tCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCg < 8:10567/117‑1 (MQ=255) aaaCTCATTCACGGTGGGCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGACTGGTCAGCGAGGAGCTGGCTGAACGTGATGTTCTTCTGAAAATGGCCCCTCATATCTCCTTACCGATGCGTTTTCGCCTGCcac < 3:43815/133‑1 (MQ=255) aaaCTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGaaa < 1:60552/90‑1 (MQ=255) aaaCTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGaaa > 2:60552/1‑90 (MQ=255) aCTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGttt > 7:390501/1‑120 (MQ=255) aCTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGttt < 8:390501/120‑1 (MQ=255) ttCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGc < 6:197269/148‑1 (MQ=255) tCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCg > 1:222682/1‑148 (MQ=255) cTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTc > 3:61761/1‑148 (MQ=255) gcgcTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCg > 8:53943/1‑147 (MQ=255) cgcTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCg < 4:61761/146‑1 (MQ=255) cgcTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCa > 3:138324/1‑148 (MQ=255) tGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGTGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGAAGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTg > 7:148541/1‑148 (MQ=255) aGCACTATGAATTGCGCCTGGTCAGCGAGGTGCTGGCTGAACGTGAACTGCTGCTTAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCTATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCTTCTGCGCCCGGAGTGGATGATTCGCATTGGTCTGtt < 3:101873/148‑1 (MQ=255) aGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGTGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGtt < 7:188953/148‑1 (MQ=255) gCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGttt < 2:222682/148‑1 (MQ=255) aCTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTAt < 1:235193/148‑1 (MQ=255) aTGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGAtt < 6:176900/128‑1 (MQ=255) aTGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGAtt > 5:176900/1‑128 (MQ=255) aTGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTa > 8:94899/1‑148 (MQ=255) tGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTa < 7:94899/147‑1 (MQ=255) tCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTc > 4:227264/1‑132 (MQ=255) tCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTc < 3:227264/132‑1 (MQ=255) atGGTCAGCGAGTCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAAAGGCCCCGCATATCGCATTCCCGATGCGTTATCGCATGCCACATAGGCCGCATCTGCGCCAGGCTTGGATTATTCGCATTGGTCTGTTTa > 8:310728/2‑133 (MQ=255) ggTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGTTCTGTTTATGTACGATCATCTggg > 8:183283/1‑147 (MQ=255) ggTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGa > 6:374223/1‑138 (MQ=255) ggTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGa < 5:374223/138‑1 (MQ=255) ggTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGATCATCTggg > 5:333135/1‑147 (MQ=255) ggTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGATCATCTggg > 2:32386/1‑147 (MQ=255) tCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGATCATCTGGGTaa < 7:53943/148‑1 (MQ=255) tCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCACGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGGTTATGTACGATCATCTGGGTa > 1:194058/1‑147 (MQ=255) | GCGGCAGACGCCGCTGGACGCGGTTTATCCGTGCTGATGCTGGAGGCGCAGGATCTCGCTTGCGCGACCTCTTCCGCCAGTTCAAAACTCATTCACGGTGGCCTGCGCTACCTTGAGCACTATGAATTCCGCCTGGTCAGCGAGGCGCTGGCTGAACGTGAAGTGCTGCTGAAAATGGCCCCGCATATCGCCTTCCCGATGCGTTTTCGCCTGCCACATCGTCCGCATCTGCGCCCGGCGTGGATGATTCGCATTGGTCTGTTTATGTACGATCATCTGGGTAA > NC_000913/3562067‑3562350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |