| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 985,894 | Δ1 bp | 5.5% | coding (1089/1089 nt) | ompF ← | outer membrane porin 1a (Ia;b;F) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 985,894 | 0 | T | . | 5.5% | 245.7 / 6.7 | 73 | coding (1089/1089 nt) | ompF | outer membrane porin 1a (Ia;b;F) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/36); new base . (2/2); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAAGT > NC_000913/985749‑986036 | tCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTAt > 3:28555/1‑146 (MQ=255) gtgtattgggAGATTTACATAATTTCATGTTTTAGTGATGAAAAAGCAGGTTTTTTTTGTAAGTCTTGAGTTTTGTATGGAAGGTAT‑AAAAAAAAAAGGTCTAAAGTGATGTTTTTTGGGCATTTAACAATGAGGTGTGCTTTTAGa < 4:151357/140‑1 (MQ=255) gTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACt > 5:145884/1‑148 (MQ=255) gTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACt > 2:240444/1‑148 (MQ=255) gggAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTaa < 6:145884/148‑1 (MQ=255) gggAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTa > 1:279361/1‑147 (MQ=255) gggAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTa > 2:253405/1‑147 (MQ=255) agaTTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACg < 1:240444/148‑1 (MQ=255) gaTTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTA‑TAGTACTTGGAAACGa > 5:283701/1‑147 (MQ=255) tttACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTCTGCTAtt < 6:27266/131‑1 (MQ=255) tttACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTCTGCTAtt > 5:27266/1‑131 (MQ=255) ttACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATAc > 4:132686/1‑148 (MQ=255) tACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATAcc > 8:79485/1‑148 (MQ=255) tACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATAc < 3:43289/147‑1 (MQ=255) cAAACTTCCAACTATTACTGATGAAAAAGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGACATTGCGCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAATCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGGAAACGATAccc < 2:220762/147‑1 (MQ=255) aaaTTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAAAAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATTCCcaca > 3:13224/1‑148 (MQ=255) caaaCTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTATTTTCGGCATTTAAAAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAAc > 5:58189/3‑148 (MQ=255) cAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAAc < 5:76837/147‑1 (MQ=255) cAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACg < 2:279361/148‑1 (MQ=255) aaCTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACgg < 6:170935/148‑1 (MQ=255) aCTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGgt > 5:82395/1‑148 (MQ=255) tATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGgtgt > 5:72516/1‑148 (MQ=255) cTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTgtcgtc < 3:132686/147‑1 (MQ=255) ttaaaaCGCAGGCTGTTTTTCCAAGACGTGATATTGCTCTGGAAGGAAT‑AAAAAAAAAAGCACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGTTGTGCTA‑TAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAAc < 6:283701/145‑1 (MQ=255) gaAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGa < 6:115171/109‑1 (MQ=255) gaAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGa > 5:115171/1‑109 (MQ=255) gaAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGGCTGAAcc > 4:98314/1‑148 (MQ=255) aaaaCGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAAcc < 7:79485/147‑1 (MQ=255) gCATGCTGTTTTAGCAAGACGTTAGTTTGCTCTGGAATTTAT‑AAAAAAAACAGGACGAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTTCTAATAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGcc < 3:20630/148‑1 (MQ=255) gCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGcc > 1:237434/1‑148 (MQ=255) gTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTttg > 8:329746/1‑148 (MQ=255) 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tctGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACTAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGAt > 3:239480/1‑139 (MQ=255) tctGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGAt < 4:239480/139‑1 (MQ=255) gAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTtgatg < 4:91553/145‑1 (MQ=255) gAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGGCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGatgatg < 4:28555/148‑1 (MQ=255) ggTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTACCAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAg < 2:234024/148‑1 (MQ=255) gaaaaaaCAGGACTTTGGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACa > 7:319150/2‑148 (MQ=255) aaaaaaaCAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAAc < 3:98314/147‑1 (MQ=255) aaaaaaaCAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACa < 6:82395/148‑1 (MQ=255) aaaaaaCAGGACCAAAGTCCAGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCAATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACATACGCCCAGTTTGTTGTCACAATCGATCTGGTTGATGATGTATTCAACa > 5:61869/1‑147 (MQ=255) aCCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACAt > 5:161459/1‑148 (MQ=255) 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ttttttCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 7:329746/147‑1 (MQ=255) tttCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagt < 6:161459/147‑1 (MQ=255) cGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtagt < 4:149399/147‑1 (MQ=255) ggCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAgtagta < 1:253405/147‑1 (MQ=255) ttAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAg > 3:137536/1‑116 (MQ=255) ttAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAg < 4:137536/116‑1 (MQ=255) ttAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTgc > 7:60397/1‑148 (MQ=255) ttAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTgc > 2:190232/1‑148 (MQ=255) aCAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGcc > 7:241541/1‑148 (MQ=255) aCAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGcc > 4:70255/1‑148 (MQ=255) cAACGAGGTGTGCTATTATAACTGGTAAACGATACCCTCAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGccc < 6:61869/148‑1 (MQ=255) aaGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagta < 7:200257/133‑1 (MQ=255) aaGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagta > 8:200257/1‑133 (MQ=255) gtgCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAag > 3:54900/1‑148 (MQ=255) tgCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAagt < 4:54900/148‑1 (MQ=255) tATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCaa < 3:62281/142‑1 (MQ=255) tATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCaa > 4:62281/1‑142 (MQ=255) aTTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAgg > 6:291950/1‑126 (MQ=255) aTTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAgg < 5:291950/126‑1 (MQ=255) ttAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGccc < 6:72934/133‑1 (MQ=255) ttAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGccc > 5:72934/1‑133 (MQ=255) | TCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTAT‑AAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAAGT > NC_000913/985749‑986036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |