| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,364,103 | Δ1 bp | 6.9% | coding (173/543 nt) | yfaZ ← | outer membrane protein, putative porin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,364,103 | 0 | T | . | 6.9% | 189.3 / 6.8 | 58 | coding (173/543 nt) | yfaZ | outer membrane protein, putative porin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/30); new base . (2/2); total (26/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
CAAACCACCTCCTACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGACCGATGCAGAAACCAACAGCATTCCGG > NC_000913/2363967‑2364247 | cAAACCACCTCCTACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTa < 1:296305/148‑1 (MQ=255)cAAACCACCTCCTACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGACCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCATCGACATCACCGTCGTCGTCGTTa < 6:261210/148‑1 (MQ=255)cAAACCACCTCCTACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGGTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTa < 5:36249/148‑1 (MQ=255) aaCCACCTCCTACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTAtg < 4:299980/148‑1 (MQ=255) ctcctACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCa < 5:192709/148‑1 (MQ=255) ctcctACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCa < 2:185765/148‑1 (MQ=255) cGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCg < 2:85364/148‑1 (MQ=255) gCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCGTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACg > 1:118732/1‑148 (MQ=255) aaCCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTa < 1:159630/141‑1 (MQ=255) aaCCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTa > 2:159630/1‑141 (MQ=255) ttCATCGCCGTAATTCGGGTCGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGccc > 4:71762/1‑148 (MQ=255) tCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGCGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCAC‑‑‑CGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTa < 1:109759/133‑1 (MQ=255) tCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCcg > 8:67689/1‑148 (MQ=255) tCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCAC‑‑‑CGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTa > 2:109759/1‑133 (MQ=255) tCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCAC‑‑‑CGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTa > 2:105429/1‑133 (MQ=255) tCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATC‑CC‑‑CGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTa < 1:105429/133‑1 (MQ=255) tCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCGTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCcgtcg < 2:118732/148‑1 (MQ=255) ccGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTATTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGTCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACCTCACCGTCGTCGGCGTGATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGttt > 1:243094/1‑148 (MQ=255) cGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTc < 1:286573/148‑1 (MQ=255) cGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTc < 7:67689/148‑1 (MQ=255) 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aaCGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCg > 8:154597/1‑142 (MQ=255) ctcattttCCGCAAACGGTCGACATTAACGGCAAGAGAGGCAGATTAAACCCCAGCCCAACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATTTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGTCCCTTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAat < 2:243094/144‑1 (MQ=255) cGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCaa > 8:321925/1‑147 (MQ=255) cGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCaa > 3:13933/1‑147 (MQ=255) gCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGGTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAata > 3:216281/1‑148 (MQ=255) cTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGaca > 3:36424/1‑140 (MQ=255) cTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGaca < 4:36424/140‑1 (MQ=255) tttCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTgg > 1:163217/1‑148 (MQ=255) ttCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTgg < 4:137151/147‑1 (MQ=255) gCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACACCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTAt < 5:305860/148‑1 (MQ=255) cAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTc < 1:182675/148‑1 (MQ=255) aCGGTCGCCATTAACGGTCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTCAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCCAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCtt < 1:274402/148‑1 (MQ=255) aCGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTAt < 5:143362/144‑1 (MQ=255) aCGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTAt > 6:143362/1‑144 (MQ=255) gCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCg > 5:295082/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) agagGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGc > 7:24192/1‑148 (MQ=255) cAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGCCACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTcatt > 5:955/1‑148 (MQ=255) aaCCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGa < 4:13933/148‑1 (MQ=255) cccAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGACCg < 5:312393/148‑1 (MQ=255) ccAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGACCGa > 8:256366/1‑148 (MQ=255) cGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCttt < 4:254348/103‑1 (MQ=255) cGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCttt > 3:254348/1‑103 (MQ=255) cGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGACCGATGCAGAAACCAACAg < 7:256366/148‑1 (MQ=255) cACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCttt < 7:201203/91‑1 (MQ=255) cACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCttt > 8:201203/1‑91 (MQ=255) ccGTCGTCGTCGTTCTGTGTCCACTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGCTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGACCGATGCAGAAACCAACAGCATTCCgg < 6:273341/148‑1 (MQ=255) | CAAACCACCTCCTACCGCTGCGGCATAACCTTCATCGCCGTAATTCGGGTTGGTGTAAACGCCTTTTCCGCCAACGGTCGCCATTAACGGCCCGAGAGGCAGATTCAACCCCAGCCCCACGCCAGCGACATCACCGTCGTCGTCGTTATGTGTCCAGTTACCGCTTAACGCCAGGCCCGTCGTTTCAGTCCCAAAACCGACACCAATATTGGTGTATTCTTTACCCGCCTGACCGCTGATGCTCATTGCATTGACCGATGCAGAAACCAACAGCATTCCGG > NC_000913/2363967‑2364247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |