| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,287,423:2 | +A | 12.5% | intergenic (‑52/‑341) | acs ← / → nrfA | acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 2 | . | A | 12.5% | 235.1 / 38.7 | 72 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (35/28); new base A (5/4); total (40/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAGATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGT > NC_000913/4287276‑4287566 | aaTAGATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATg > 6:11478/1‑148 (MQ=255) aTAGATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑t < 5:11478/148‑1 (MQ=255) aGATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAg > 7:208172/1‑148 (MQ=255) gATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGTCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑Tat < 5:228252/147‑2 (MQ=255) ttgttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑Tatagg < 7:49044/148‑5 (MQ=255) gCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGtttt > 1:116510/1‑148 (MQ=255) cGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGtt > 5:123899/1‑147 (MQ=255) aCTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGtt > 1:232174/1‑146 (MQ=255) aCTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAg > 7:297754/1‑147 (MQ=255) gctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAtt > 8:249404/1‑148 (MQ=255) aGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTgg < 6:94625/147‑1 (MQ=255) tATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACa < 7:137216/147‑1 (MQ=255) tCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGt > 8:286682/1‑135 (MQ=255) tCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGt < 7:286682/135‑1 (MQ=255) tCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGa > 2:3684/1‑143 (MQ=255) aGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGGTTAGTATTTGGGCGACAGATc < 5:62511/147‑1 (MQ=255) cGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaa > 8:130901/1‑147 (MQ=255) tCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTgg < 1:121612/128‑1 (MQ=255) tCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTgg > 2:121612/1‑128 (MQ=255) gCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAg > 8:294059/1‑147 (MQ=255) gCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATCCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATTTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCATTTTTGTTTAGTATTTGGGCGCCAGATCACGCAAAAGTat > 6:100377/1‑146 (MQ=255) aTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGt > 2:220472/1‑142 (MQ=255) aTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGt < 1:220472/142‑1 (MQ=255) aGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCaaa > 5:234001/1‑147 (MQ=255) gAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCaaa > 6:36824/1‑147 (MQ=255) ggTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCaa < 1:25182/140‑1 (MQ=255) ggTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACgg > 4:166437/1‑148 (MQ=255) ggTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATC‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgt < 7:261462/136‑1 (MQ=255) ggTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATC‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgt > 8:261462/1‑136 (MQ=255) ggTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTATCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCaa > 2:25182/1‑140 (MQ=255) gtgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACgg > 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cATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa < 4:235802/142‑1 (MQ=255) cATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa > 3:235802/1‑142 (MQ=255) tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaac > 5:191428/1‑147 (MQ=255) ttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaaca > 5:112059/1‑147 (MQ=255) ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGTCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaacaa > 8:287611/1‑147 (MQ=255) cTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAt > 8:249738/1‑148 (MQ=255) cTTGTAGGAAGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTATAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg < 1:125753/148‑1 (MQ=255) tGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAtt > 2:82980/1‑147 (MQ=255) tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt < 7:77507/148‑1 (MQ=255) aGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGCTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAATGTGCATATAAACGGCAGCGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGATGATTAAt > 6:89836/1‑147 (MQ=255) ggATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa > 1:238207/1‑103 (MQ=255) ggATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa < 2:238207/103‑1 (MQ=255) tGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAATTAAACGGCAGTGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGTTTAATTCttt < 8:297754/148‑1 (MQ=255) gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTTTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGAAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTAGATTAATTAttt > 6:276228/1‑147 (MQ=255) ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa < 3:192534/116‑1 (MQ=255) ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa > 4:192534/1‑116 (MQ=255) ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt > 7:39734/1‑146 (MQ=255) 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5:89836/148‑1 (MQ=255) cATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTa > 7:4039/1‑148 (MQ=255) tAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatg > 2:115501/1‑148 (MQ=255) aaGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCAc > 1:243854/1‑56 (MQ=255) aaGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCAc < 2:243854/56‑1 (MQ=255) aaGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGtt < 6:279240/144‑1 (MQ=255) aaGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGtt > 5:279240/1‑144 (MQ=255) aGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc < 6:191428/147‑1 (MQ=255) gCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgcat > 4:79867/1‑148 (MQ=255) tAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTg > 1:145650/1‑148 (MQ=255) aaTG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGt < 6:112059/147‑1 (MQ=255) | AATAGATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGT > NC_000913/4287276‑4287566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |