| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2078529 | 29 (0.870) | 7 (0.230) | 7/240 | 2.6 | 19.8% | intergenic (+422/+20) | yeeW/yoeD | CP4‑44 prophage; uncharacterized protein;Phage or Prophage Related/pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 2078541 | 30 (0.980) | intergenic (+434/+8) | yeeW/yoeD | CP4‑44 prophage; uncharacterized protein;Phage or Prophage Related/pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGATATTACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATACCGTTCAGACGGCAGGTGCC > NC_000913/2078383‑2078677 | ggATATTACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑c < 2:57351/148‑1 (MQ=255) ttACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGc < 4:119865/148‑1 (MQ=255) tACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgc > 6:62164‑M1/1‑141 (MQ=255) aTAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgt < 5:62164‑M1/149‑14 (MQ=255) aCCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttgac < 2:110619‑M2/149‑6 (MQ=255) ttCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgct > 5:21276‑M1/1‑129 (MQ=255) tGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAATACGGTGCTCCGTgacgcttacttt > 2:168692‑M2/1‑137 (MQ=255) gTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAATACGGTGCTCCGTgacgcttactttaatc > 6:21276‑M2/1‑132 (MQ=255) gCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGt > 1:1270/1‑147 (MQ=255) ttATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGaa < 3:103348/149‑1 (MQ=255) gCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACAGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACg > 3:121066/1‑149 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttgac < 2:124554‑M2/118‑6 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttgac > 1:124554‑M2/1‑113 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTgg < 6:7221/131‑1 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTgg > 5:7221/1‑131 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCAt < 1:110619/148‑1 (MQ=255) cGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCa < 2:1270/149‑1 (MQ=255) gACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTc < 6:147839/148‑1 (MQ=255) gACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTc < 4:121066/148‑1 (MQ=255) ccTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCaa > 6:126245/1‑148 (MQ=255) cTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAaca > 8:102967/1‑149 (MQ=255) gACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACg > 1:78425/1‑149 (MQ=255) cAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACgg < 2:78425/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTg < 7:102967/149‑1 (MQ=255) aaaaTGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTg > 1:56083/1‑148 (MQ=255) aaTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGc > 8:88067/1‑148 (MQ=255) aaTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGc < 7:88067/148‑1 (MQ=255) aTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgcttact < 8:112429‑M1/94‑25 (MQ=255) aTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgcttact > 7:112429‑M1/1‑70 (MQ=255) tCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAg < 4:7415/120‑1 (MQ=255) tCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAg > 3:7415/1‑120 (MQ=255) cAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGTAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTcc > 5:58389/1‑149 (MQ=255) cAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttga > 2:21528‑M2/1‑78 (MQ=255) gTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGTAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGaa < 6:58389/149‑1 (MQ=255) gAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATg > 5:43430/1‑149 (MQ=255) cAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATCCCGGCAGTATGCTCAGAATATGgcg < 2:56083/149‑1 (MQ=255) aaaaaTCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCttatttat > 5:160055/1‑67 (MQ=255) aaaaaTCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCttatttat < 6:160055/67‑1 (MQ=255) cGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATAc < 5:126245/149‑1 (MQ=255) gATTAAAGTAAGCGTCAcggagcaccgtattgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcac > 6:21276‑M1/1‑18 (MQ=255) ttAAAGTAATCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATACCGtt < 6:43430/149‑1 (MQ=255) aaaGTAAGCGTCAcggagcaccgtattgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctcca > 2:168692‑M1/1‑14 (MQ=255) aGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaat > 7:112429‑M2/1‑24 (MQ=255) aGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaat < 8:112429‑M2/94‑71 (MQ=255) aGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctccactggaa > 5:21276‑M2/1‑20 (MQ=255) gTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctccactggaaggt < 2:110619‑M1/149‑145 (MQ=255) gTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgtta < 2:124554‑M1/118‑114 (MQ=255) gTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgtta > 1:124554‑M1/1‑5 (MQ=255) tCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttg > 2:21528‑M1/1‑4 (MQ=255) a‑‑CGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctccactggaaggtttat < 5:62164‑M2/149‑137 (MQ=255) | GGATATTACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAA‑‑CGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATACCGTTCAGACGGCAGGTGCC > NC_000913/2078383‑2078677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |