| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,798,472 | A→G | 5.9% | T157T (ACT→ACC) | pheS ← | phenylalanine tRNA synthetase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,798,472 | 0 | A | G | 5.9% | 210.7 / 2.7 | 68 | T157T (ACT→ACC) | pheS | phenylalanine tRNA synthetase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/33); new base G (2/2); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
ATCGGCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTACGGGT > NC_000913/1798329‑1798615 | aTCGGGGTGTGAGTCTGGTCGTAGTGGTTACGATAATCACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTGATTGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAgtgt < 6:232987/148‑1 (MQ=255) cGGCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCg > 3:367078/1‑148 (MQ=255) ggCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCg < 3:41182/147‑1 (MQ=255) gAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACCCGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAgc > 5:81034/1‑148 (MQ=255) tCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGGCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGGCAAACCAGAAAGTGTCGTGGGCAGCGCGCGCCg < 5:402062/148‑1 (MQ=255) gTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGggtgg < 6:212576/148‑1 (MQ=255) tACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCg < 3:36233/122‑1 (MQ=255) tACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCg > 4:36233/1‑122 (MQ=255) cGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTc > 3:250255/1‑119 (MQ=255) cGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTc < 4:250255/119‑1 (MQ=255) aTAAACACGTCCAGGCGGGATGATACCAATCGGTTGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGATGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGGGTCTAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGa < 7:196404/148‑1 (MQ=255) aTAAACACGGCCAGGCGGGAGGATTCGTTTCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGGGAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGTTAGTGTCAAACCAGAAATTGTCGTTGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACGAGGa < 4:25570/148‑1 (MQ=255) aTAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAgg > 2:82296/1‑147 (MQ=255) aTAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAgg > 6:151655/1‑147 (MQ=255) tAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTc > 4:51162/1‑116 (MQ=255) tAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTc < 3:51162/116‑1 (MQ=255) 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aaTCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATaa > 3:352127/1‑148 (MQ=255) aTCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACTCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAAt < 4:28751/148‑1 (MQ=255) aTCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAAt < 5:151655/148‑1 (MQ=255) ctgctgGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTc > 6:182321/1‑147 (MQ=255) ctgGGCTTTCATGGAGCGTATCTGTACGCCAGAGGGCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGGCAAACCAGAAAGTGGCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGGCTTCGAtt < 5:82171/148‑1 (MQ=255) ttCATGGTGCGGATCTGTACGCCCGAGGTGTGGGGACGCAGGAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGGGACGAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCtt < 1:150148/136‑1 (MQ=255) tGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTGGATTTCCGGCCCGGt < 6:81034/148‑1 (MQ=255) cGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGcc < 4:352127/147‑1 (MQ=255) aTCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACgg > 8:451677/1‑148 (MQ=255) tGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGt < 4:385234/118‑1 (MQ=255) tGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGt > 3:385234/1‑118 (MQ=255) tACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAg < 4:367078/148‑1 (MQ=255) tACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGAAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGt < 5:360586/144‑1 (MQ=255) agagGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGt > 7:304613/1‑83 (MQ=255) agagGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGt < 8:304613/83‑1 (MQ=255) tCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATg > 5:64284/1‑97 (MQ=255) tCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATg < 6:64284/97‑1 (MQ=255) ggCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGa > 3:358217/1‑147 (MQ=255) cGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCgaaga < 6:396609/136‑1 (MQ=255) cGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCgaaga > 5:396609/1‑136 (MQ=255) cGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATAc < 8:104636/148‑1 (MQ=255) ggTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATa < 2:75209/145‑1 (MQ=255) ggTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATa > 1:75209/1‑145 (MQ=255) gtgtCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGa < 4:358217/148‑1 (MQ=255) tgtCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCgaagaa < 2:397764/130‑1 (MQ=255) tgtCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCgaagaa > 1:397764/1‑130 (MQ=255) cAAACCAGAAGGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGAt < 2:292842/145‑1 (MQ=255) cAAACCAGAAGGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGAt < 2:286619/145‑1 (MQ=255) cAAACCAGAAGGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGAt > 1:292842/1‑145 (MQ=255) cAAACCAGAAGGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGAt > 1:286619/1‑145 (MQ=255) cAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATgg > 4:107264/1‑147 (MQ=255) aaaCCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGt < 7:451677/147‑1 (MQ=255) aaCCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTAc > 8:258690/1‑148 (MQ=255) aaCCAGAAAGTGGCGTGGGCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTa < 3:369780/105‑1 (MQ=255) aCCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTa < 3:363836/104‑1 (MQ=255) aCCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCCTCTTCGATTTACGGCCCGGTTGCCACGGTa > 4:363836/1‑104 (MQ=255) aCCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCACAGCATCGAAGTTATGATAATCCTCTTCGATTTCCCGCCCGGTTCCCACGGTaa > 4:369780/1‑105 (MQ=255) ccAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTACgg > 3:267778/1‑148 (MQ=255) ccAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTACgg > 1:57819/1‑148 (MQ=255) gAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTACGGGt > 2:348259/1‑147 (MQ=255) | ATCGGCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTACGGGT > NC_000913/1798329‑1798615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |