| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 511,232 | C→A | 5.4% | E50* (GAA→TAA) | copA ← | copper transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 511,232 | 0 | C | A | 5.4% | 338.1 / 3.9 | 97 | E50* (GAA→TAA) | copA | copper transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/42); new base A (3/3); total (52/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACAT > NC_000913/511084‑511379 | tcatcgtcatcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCATTTGGGTGGCATACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTc > 8:33814/1‑149 (MQ=255) tcgtcatcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTg > 5:112129/1‑148 (MQ=255) gtcatcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCa < 8:121170/148‑1 (MQ=255) tcatcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACt > 2:87737/1‑149 (MQ=255) atcgGCGTTCGATGCCGTAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCATCGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTATCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTg < 6:56436/148‑1 (MQ=255) atcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTgg > 3:220336/1‑149 (MQ=255) atcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTg < 7:5725/148‑1 (MQ=255) tcgGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTgg > 2:112910/1‑148 (MQ=255) gTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTccc > 1:231189/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGt < 1:87737/149‑1 (MQ=255) cGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGt < 4:99408/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGCTGCGTCATAACCCGCTTGTTTCATTGCTTCGATCAGCTGTGCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTgcgc < 2:236584/149‑1 (MQ=255) gcCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCtt > 4:99458/1‑148 (MQ=255) tCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGt > 1:385105/1‑149 (MQ=255) tCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTAACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTATGATGGATTCGATCAGCTGTTATGCACTTGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGt > 6:367009/1‑149 (MQ=255) aGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTg < 1:112910/148‑1 (MQ=255) aGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTg < 3:99458/148‑1 (MQ=255) aGAAACCGCGGTCAGTGCTTCCGCCGGGATTGCGGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTGCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGt < 2:191700/147‑1 (MQ=255) gAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGAt < 7:78671/149‑1 (MQ=255) 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cTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGGTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTg < 6:381032/131‑1 (MQ=255) cTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTg > 5:381032/1‑131 (MQ=255) ttCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTGTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTCCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCt > 7:98534/1‑149 (MQ=255) ccGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTc < 5:348055/148‑1 (MQ=255) gACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAAc < 2:352514/149‑1 (MQ=255) ggATTGATGACTCCGGCTGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCTATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATca < 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cccGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGcc < 2:385105/149‑1 (MQ=255) gTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCa < 2:329250/147‑1 (MQ=255) tttGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCCCCATACGGACGCTGTTCCAGACTTTCTTTCACGCGATTAACGCAGTGCCCGCAGGACAGGCCGTCCAggg > 4:181885/1‑149 (MQ=255) tttGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAgg < 8:258695/148‑1 (MQ=255) tttGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAgg < 1:225681/148‑1 (MQ=255) 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ttCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGa > 3:156797/1‑149 (MQ=255) aTCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGt > 2:422611/1‑149 (MQ=255) aTCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGt > 8:303409/1‑149 (MQ=255) tCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGtt > 1:405184/1‑149 (MQ=255) aGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCt > 2:102378/1‑76 (MQ=255) aGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCt < 1:102378/76‑1 (MQ=255) aGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAgg > 7:254070/1‑132 (MQ=255) aGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAgg < 8:254070/132‑1 (MQ=255) aGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTtg > 3:156378/1‑149 (MQ=255) ttCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGCCAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACa > 5:179145/1‑149 (MQ=255) ttCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGa < 7:141857/147‑1 (MQ=255) ttCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGa < 5:107662/147‑1 (MQ=255) cTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACTCATCCTCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGAATTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACAt < 2:278546/148‑1 (MQ=255) | TCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTCTGCACTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAGACTTTCTTTCACGCGTTTAACGCAGTGACCGCAGGACAGGCCGTCCAGGGTCAGGTCGATAGTTTGTGACAT > NC_000913/511084‑511379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |