| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 521,669 | C→T | 7.3% | C418C (TGC→TGT) | ybbP → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 521,669 | 0 | C | T | 7.3% | 169.0 / 3.2 | 55 | C418C (TGC→TGT) | ybbP | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/23); new base T (2/2); total (30/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
GTAATGATGTGGTAGCGAACGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGG > NC_000913/521521‑521817 | gTAATTATGTGGTAGCGAAGGTCTGGCCGCTGATGTTTTATATGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGATGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTCGGCGGTGCTGGCGGGCTCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGc < 8:62023/149‑1 (MQ=255) gCGAACGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGGGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTgctgggctg < 5:222492/149‑1 (MQ=255) gAACGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGa < 7:282463/149‑1 (MQ=255) gAACGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGGGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGa < 4:69339/149‑1 (MQ=255) aCGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTgctgggct < 4:194691/144‑1 (MQ=255) aCGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTgctgggct > 3:194691/1‑144 (MQ=255) gCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGctgctg > 4:52053/1‑148 (MQ=255) ccGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGaa < 4:131410/149‑1 (MQ=255) cGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAAt < 2:176475/149‑1 (MQ=255) tGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGACTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTa > 3:19111/1‑149 (MQ=255) aaGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCGTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGCTGCTGCGGAATGTACt > 8:317245/1‑149 (MQ=255) gCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGa > 2:66510/1‑149 (MQ=255) aTTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCTTGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCt > 2:160005/1‑149 (MQ=255) tCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGaaa > 4:132958/1‑149 (MQ=255) aGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGAATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGCGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATc > 5:198464/1‑149 (MQ=255) gtgtGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCg > 5:190596/1‑149 (MQ=255) gtTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTCGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCctct > 6:169008/1‑149 (MQ=255) gtgCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTgcg > 5:76769/1‑149 (MQ=255) ctgctgctCGCCTGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGc < 8:26855/81‑1 (MQ=255) 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gCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAg < 5:329457/149‑1 (MQ=255) gCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGCGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAg < 6:198464/149‑1 (MQ=255) cGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAgcc > 3:321776/1‑149 (MQ=255) cGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAgcc > 6:44735/1‑149 (MQ=255) gcttAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAgccgc < 6:76769/147‑1 (MQ=255) ttAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGTCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCt > 2:203175/1‑149 (MQ=255) ttAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCGGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCt < 3:110276/149‑1 (MQ=255) aaTGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTg < 4:34779/148‑1 (MQ=255) gggTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTAc > 5:31010/1‑149 (MQ=255) ggTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGGGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTAc < 5:293203/148‑1 (MQ=255) gTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGt < 1:51067/149‑1 (MQ=255) tGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGt > 8:236410/1‑148 (MQ=255) aTGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTg < 2:231648/149‑1 (MQ=255) gctgctTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGCCGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGt > 1:175940/1‑149 (MQ=255) ctgctTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGt > 4:45790/1‑148 (MQ=255) tgctTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTc > 2:14791/1‑148 (MQ=255) gctTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCaa > 2:105129/1‑149 (MQ=255) tttGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACg > 2:26721/1‑149 (MQ=255) gggCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGtt < 1:66510/148‑1 (MQ=255) ggCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTaa < 5:142003/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCt > 8:44371/1‑149 (MQ=255) gcgGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCAtt > 1:275654/1‑149 (MQ=255) gcgGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCAtt > 8:51847/1‑149 (MQ=255) gtagtaCTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTc < 6:190596/149‑1 (MQ=255) gtagtaCTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTc < 1:105129/149‑1 (MQ=255) taCTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGctc > 6:72339/1‑149 (MQ=255) aCTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGctct > 5:24862/1‑149 (MQ=255) tGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTcc > 7:160984/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTcc < 3:45790/147‑1 (MQ=255) gCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTcc < 3:52053/147‑1 (MQ=255) tttGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTCCTTTa > 3:263101/1‑149 (MQ=255) tgCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTCCTTTATgctgct < 1:14791/149‑1 (MQ=255) cGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTgg < 7:44371/149‑1 (MQ=255) cGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTgg < 4:263101/149‑1 (MQ=255) | GTAATGATGTGGTAGCGAACGTCTGGCCGCTGAAGTTTTATCTGCCGATTGTCAGTGTGGTGGTTGTGCTGCTGCTCGCCGGATTAATGGGTGGCAGCATGCTGCTTTGGGCGGTGCTGGCGGGCGCGGTAGTACTGGCTTTGCTGTGCGGTGTGCTGGGCTGGATGCTGCTGAATGTACTTCGCCGCATGACGCTGAAATCGCTGCCTCTGCGCCTGGCGGTTAGCCGCCTGTTACGTCAGCCGTGGTCAACGTTAAGTCAGCTTTCGGCATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGG > NC_000913/521521‑521817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |