| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,290,959 | 0 | C | A | 50.0% | 1.8 / 37.3 | 26 | L716I (CTC→ATC) | yraJ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/6); new base A (7/6); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAA > NC_000913/3290818‑3291104 | tcGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCg < 6:84622/147‑1 (MQ=255) gggCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACg > 6:119104/1‑148 (MQ=255) cTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGaa < 5:119104/149‑1 (MQ=255) tAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGaa > 2:103012/1‑148 (MQ=255) aaCGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAACCCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGaac > 7:91151/1‑148 (MQ=255) gATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTgtgg > 1:165969/1‑146 (MQ=255) gATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTgtgg < 2:165969/146‑1 (MQ=255) cTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCCGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACagag < 6:118102/149‑1 (MQ=255) cTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACagag > 7:69507/1‑135 (MQ=255) cTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACagag < 8:69507/135‑1 (MQ=255) cTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAgcg > 4:22902/1‑149 (MQ=255) tACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTgtggt < 2:159762/123‑1 (MQ=255) tACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTgtggt > 1:159762/1‑123 (MQ=255) tACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAgcgg > 5:18721/1‑149 (MQ=255) tACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGt > 2:153034/1‑136 (MQ=255) tACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGt < 1:153034/136‑1 (MQ=255) ttttGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTc > 5:114740/1‑148 (MQ=255) aGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCg < 3:22902/149‑1 (MQ=255) gTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTa > 2:125329/1‑149 (MQ=255) cTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACa < 6:18721/149‑1 (MQ=255) tCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTc > 8:98450/1‑112 (MQ=255) aGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGt < 7:25517/125‑1 (MQ=255) aGGAAAACCGTATCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGt > 8:25517/1‑125 (MQ=255) gAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCg < 6:153057/121‑1 (MQ=255) gAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATAGCg > 5:153057/1‑121 (MQ=255) cGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCaa < 1:103012/149‑1 (MQ=255) | TCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAA > NC_000913/3290818‑3291104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |