| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 238,653 | C→A | L28F (TTG→TTT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 238,653 | 0 | C | A | 93.7% | 262.5 / 9.9 | 79 | coding (84/480 nt) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (31/43); minor base . (3/2); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
ATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCATATCACGGGTGGAGTGTTAAGAACATACATAAATGGAGTCATGTTTTC > NC_000913/238508‑238796 | aTTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACATAATCAACATTCTCAAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTTAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑Aaaaaaaaa < 4:155282/148‑1 (MQ=255) ttttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAGCGCAGCACAGAATCACCATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGCGGTTGACCTCCGGT‑Aaaaaaaaat > 2:85853/1‑147 (MQ=255) ttttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCAGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑aaaaaaaaaa > 4:99010/1‑148 (MQ=255) ttttATTATAGTAACTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACTACATGAAAACGAATCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAAAAaag < 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(MQ=255) aaCATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATACAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAAAAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAATAAACTCATTAAATTTAAc > 4:121865/1‑146 (MQ=255) ttCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAAAAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTaaa < 6:200034/149‑1 (MQ=255) cAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAAAAAAGAAGCATTGAATTCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACAAAGAAAAAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCAt > 8:26315/1‑149 (MQ=255) cAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAAAAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCAt < 8:86795/149‑1 (MQ=255) cAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGT‑AAAAAAAAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCAt > 1:46049/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |