| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,175,151 | (A)6→5 | intergenic (‑125/‑237) | coaA ← / → thrU | pantothenate kinase/tRNA‑Thr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,175,146 | 0 | A | . | 97.6% | 181.6 / ‑1.8 | 42 | intergenic (‑120/‑242) | coaA/thrU | pantothenate kinase/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (20/21); minor base C (1/0); total (21/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCATAAGCATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCATTGTTGAGCACAATGATGTTGAAAAAGTGTGCTAATCT > NC_000913/4175022‑4175271 | cTCATAAGCATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCa < 6:152978/138‑1 (MQ=255)cTCATAAGAATGATTCTGGCCGTCATAGCTCTATCGCCAACGCGATATTTGCAATGCCGCGTCACAGTACTGTTGAAAGGGTTAAAGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAA‑AAACAAAAATCTCAGCCAGGAAGCTATCg > 6:87955/1‑149 (MQ=255) aTAAGCATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGtt > 4:61642/1‑148 (MQ=255) gCATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGaa > 2:130208/1‑147 (MQ=255) 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tCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAgcg > 1:81080/1‑148 (MQ=255) acaGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCAt < 2:12466/149‑1 (MQ=255) acaGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCAt > 5:135558/1‑149 (MQ=255) aGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCAttg < 2:81080/149‑1 (MQ=255) gTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGc < 2:173357/65‑1 (MQ=255) gTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGc > 1:173357/1‑65 (MQ=255) 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aaTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGaaa < 1:138588/80‑1 (MQ=255) aTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAgc < 1:85119/132‑1 (MQ=255) aTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAgc > 2:85119/1‑132 (MQ=255) gTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCATTGTTGAGCACAatgatg > 6:100787/1‑149 (MQ=255) ttAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCATTGTTGAGCACAATGATGt < 5:48017/149‑1 (MQ=255) aggaggGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGa > 1:163322/1‑75 (MQ=255) aggaggGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGa < 2:163322/75‑1 (MQ=255) aggaggGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCAt < 1:166322/87‑1 (MQ=255) aggaggGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCAt > 2:166322/1‑87 (MQ=255) cacCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCATTGTTGAGCACAATGATGTTGAAAAAGTGTGCTAATCt < 5:100787/149‑1 (MQ=255) acCAGATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAg > 2:94161/1‑100 (MQ=255) gATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATg > 6:164647/1‑90 (MQ=255) gATGGGGAGGAATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATg < 5:164647/90‑1 (MQ=255) gaggaATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCAttg < 7:96488/103‑1 (MQ=255) gaggaATAATAAG‑AAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCAttg > 8:96488/1‑103 (MQ=255) | CTCATAAGCATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTATGGTTTAGCAGGAGCGCATTGTTGAGCACAATGATGTTGAAAAAGTGTGCTAATCT > NC_000913/4175022‑4175271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |