| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1805292 = | 23 (0.930) | 4 (0.160) | 4/264 | 2.7 | 15.2% | intergenic (+20/+33) | yniD/ydiY | uncharacterized protein/acid‑inducible putative outer membrane protein |
| ? | NC_000913 | 1805317 = | 22 (0.910) | intergenic (+45/+8) | yniD/ydiY | uncharacterized protein/acid‑inducible putative outer membrane protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCA > NC_000913/1805147‑1805439 | gaTATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGATACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGAAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCa < 2:58671/149‑1 (MQ=255) aGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACAGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGCGCAGCAATGATATGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCa > 1:109363/1‑149 (MQ=255) cacTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATaa > 3:116965/1‑148 (MQ=255) gTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACg < 2:55119/147‑1 (MQ=255) cTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCa > 5:128786/1‑146 (MQ=255) tGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACa < 4:116965/148‑1 (MQ=255) aTGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAg < 4:96096/149‑1 (MQ=255) gtggtgCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGt < 5:63570/148‑1 (MQ=255) cTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTTCGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCAGAACACGGTCCGGCAGATAATGTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGGTGTCCGAcggtcg < 2:109363/149‑1 (MQ=255) cTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTc > 3:42946/1‑140 (MQ=255) cTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTc < 4:42946/140‑1 (MQ=255) tgtcAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGAcggtcgg > 5:126811/4‑149 (MQ=255) gCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTa > 2:64384/1‑149 (MQ=255) cAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGAcggtcggt > 6:41655/1‑147 (MQ=255) cAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGAcggtcggt < 5:41655/147‑1 (MQ=255) cTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTc > 6:122380/1‑149 (MQ=255) tgGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCg < 6:128786/148‑1 (MQ=255) acataccgaccgtcggacaaccttatcgctgggctacagcatgtaaaattatctGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAg > 6:4454‑M1/55‑81 (MQ=255) acataccgaccgtcggacaaccttatcgctgggctacagcatgtaaaattatctGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAg < 5:4454‑M1/27‑1 (MQ=255) cTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAgg < 6:126811/148‑1 (MQ=255) gcagcaATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTc > 2:31606/1‑149 (MQ=255) ttGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGccc < 4:38139/78‑1 (MQ=255) tacagcatgtaaaattatctGCCGGACCGTGTTATGCGGTCTGGCTGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCAc < 3:78865‑M1/129‑1 (MQ=255) cAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCa < 5:67730/121‑1 (MQ=255) cAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCa > 6:67730/1‑121 (MQ=255) atgtaaaattatctGCCGGACCGTGTTATGCGGTCTGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAg > 4:78865‑M1/15‑149 (MQ=255) aGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCAACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCa > 1:20475/1‑149 (MQ=255) | GATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCA > NC_000913/1805147‑1805439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |