| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATG > NC_000913/3252055‑3252337 | tgttgtTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTGTTAGCGCGCCTTc > 2:568039/1‑143 (MQ=255) gttgttCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCa > 2:5977/1‑143 (MQ=255) gttgttCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCCTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTcc > 2:89917/1‑142 (MQ=255) cgctgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCa > 1:212492‑M1/142‑143 (MQ=255) tgttCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACg < 2:1041611/143‑1 (MQ=255) aTGTCGGATGTGGGATTAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACt < 2:822824/143‑1 (MQ=255) ggATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCCGACCAGATCGGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAACGAGCATTCACGGCACTggtaa > 1:819251‑M1/1‑138 (MQ=255) ggATGCGGCATGACCGCCCTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaa < 1:463769‑M1/143‑6 (MQ=255) gATGTGGCATGAAGGCCTTAGCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaat < 2:713044‑M1/143‑7 (MQ=255) 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cgcgcCTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgccagcgacttccgtcccagccgtgccagctgctgcctccg > 2:1205358‑M1/1‑17 (MQ=255) gcgcCTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctacctcaga < 2:178353‑M1/143‑128 (MQ=255) gcgcCTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:83416‑M1/1‑16 (MQ=255) gcgcCTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca < 2:83416‑M1/54‑39 (MQ=255) catcaccCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTCTTCGTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTaaaaaa < 1:1211724‑M1/136‑1 (MQ=255) cTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgcccggtgctgcctcagattca > 1:911037‑M1/1‑12 (MQ=255) accCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAACGAGAGGTTATTGAGCAACATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTCCTAAAAAATTAt < 1:437544‑M1/140‑1 (MQ=255) accCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTAt > 2:994486‑M1/4‑143 (MQ=255) ttCACGGCACTggtaatgcctccagcttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag < 2:23607‑M1/143‑133 (MQ=255) ttCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag < 2:734392‑M1/143‑133 (MQ=255) tgcacGGTACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag < 2:1341344‑M1/141‑133 (MQ=255) | TGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATG > NC_000913/3252055‑3252337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |