| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,677,913 | T→C | intergenic (‑10/‑514) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,677,913 | 0 | T | C | 98.4% | 182.3 / ‑5.9 | 61 | intergenic (‑10/‑514) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (32/28); minor base G (0/1); total (32/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGA > NC_000913/1677775‑1678046 | tGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCa < 1:710928/143‑1 (MQ=255) ccATTTGACCCGTGTCTCTCTCTACCGCGACGGTAACACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATc < 2:1050916/143‑1 (MQ=255) aCCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCCGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGATTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTa > 1:808143/1‑143 (MQ=255) cgccgcTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATtgat < 1:152550/143‑1 (MQ=255) tctctACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGGTAACCGTACTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTGCTCTCCATCGG‑TTGTATTGatgatgtt > 2:9779/1‑141 (MQ=255) tctACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTCACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTTAGGATGGttt > 1:40225/1‑143 (MQ=255) tACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTTTTGATGATGGTTTGc > 1:1422/1‑143 (MQ=255) tACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGCTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGc < 2:904334/143‑1 (MQ=255) ggTAAGACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGTCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAg < 2:409717/143‑1 (MQ=255) tAAAGCCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa < 1:803495/143‑1 (MQ=255) tAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa < 2:330535/143‑1 (MQ=255) tAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGCTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTCTTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa > 2:18694/1‑143 (MQ=255) tAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGATTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGTCTGTGTCAggt > 2:752940/1‑142 (MQ=255) tAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGCTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa > 2:87286/1‑143 (MQ=255) aaaCCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc > 2:24552/1‑143 (MQ=255) ccAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCca > 1:317497/1‑141 (MQ=255) ccAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCca < 2:317497/141‑1 (MQ=255) ccAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTGTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCcaca < 1:624424/143‑1 (MQ=255) gTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTGTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACaa < 1:524882/143‑1 (MQ=255) tttCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg > 1:807526/1‑143 (MQ=255) accagcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTGGCTGCAACACGGTTTTCATTGGTTACCCGTTCGCTTGGTATGCCAATTTGCATGATATTCCCCCCCAGCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctgc < 2:690665/141‑1 (MQ=255) gcagcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACCCAAgctgct > 1:49502/1‑143 (MQ=255) cagcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAGGCTtctc > 2:1087136/1‑143 (MQ=255) agcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTCTTGATGCTGGTTTCCCTGTCTCGCTCCCCACACACGCCGCTCa > 1:1060152/1‑143 (MQ=255) gcgtttCCCCTGTGTTTGGCGTTGCTGCAACACGCGAATGATTGGTGTTCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCAt < 2:1058021/139‑1 (MQ=255) gcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTCTGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTCTTGTTGATGGTTTGCCTGTGTCCTGAGCCACACTAGCTGCTAAt > 1:230407/1‑143 (MQ=255) cACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACgcg > 1:590669/1‑141 (MQ=255) cACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg > 1:948888/1‑143 (MQ=255) aCTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACgcgc > 1:134689/1‑143 (MQ=255) tGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTa > 1:374121/1‑143 (MQ=255) ggCGTTGCTGCAAGACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCGTCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTa < 2:50629/143‑1 (MQ=255) gTTGCTTCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑c 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gggTTTCATTGGTTACCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAaaataaat > 2:920600/1‑143 (MQ=255) gggTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAaaataaat < 1:87286/143‑1 (MQ=255) gggTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAaaataaac > 2:725166/1‑142 (MQ=255) gcATTGCTTAACCGTTCGCTTCGTGGGCCAATTCGCCTGATATTCCCCTCCATCGG‑TGTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGTCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTa < 1:9629/142‑1 (MQ=255) aTTGCTTACCCGTTCTCTTTGTATTCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCCG‑TTTTATTTATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAAc < 2:856635/143‑1 (MQ=255) ttGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACACGCTGCTCCTGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑CTAAAATAAATTAGTAACa > 2:231621/1‑143 (MQ=255) gggtAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATCTTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACaaa < 1:616208/140‑1 (MQ=255) cgTTAACCGTTCTCTTGGTAGGGCAATTCGCATGATACTCCCCCCCAGCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACaaa < 2:156193/142‑1 (MQ=255) gTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCCGGAGCCACACAAGCTACTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTCAAATAAATTAGTAACAAAc > 2:668914/1‑143 (MQ=255) gTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑GTAAAATCAATTAGTAACAAAc > 2:417918/1‑143 (MQ=255) tAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGc > 1:1089364/1‑143 (MQ=255) tccGTTCTTTTTGTATGTCAATTCGCATGATATTCCCCTGCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGccc < 1:350201/142‑1 (MQ=255) ccGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGCTACT‑CCG‑TTAAACTAAATTAGTAACCAACGCCCt > 1:491950/1‑143 (MQ=255) ccGTTCTCTTGGTATGCCAATGCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAGTGTTACG‑CCT‑TTAAAATAAACTAGTGACAAACGCCCt < 2:491495/143‑1 (MQ=255) ttCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCtata < 1:545356/143‑1 (MQ=255) tctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCGGGAGCCACACAAGCTGCGCATGTAC‑‑GCGAAAGCTTAATGCCGCTTAAAATGTAGTAATAACAAACGCCCTATAACg > 1:790061/1‑143 (MQ=255) ttGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCCGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGATCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTa < 1:1087136/143‑1 (MQ=255) ttGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTa < 1:158251/143‑1 (MQ=255) gCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCAGCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTACAGACCAAGAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGagaa > 2:768007/1‑143 (MQ=255) cAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAAtt < 1:787826/143‑1 (MQ=255) cGCATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAGCGTACTGAAAATGATGcc > 1:535686/1‑143 (MQ=255) cATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTCTAACGTACTGAAAATTATCCCtg > 1:853798/1‑143 (MQ=255) cATGATATTCCCCTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCtg > 1:289752/1‑143 (MQ=255) gttatTCCCGTCCAGCGG‑TTATATGGATGCTGGTTAGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGa < 1:343476/141‑1 (MQ=255) | TGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGG‑TTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACT‑CCG‑TTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGA > NC_000913/1677775‑1678046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |