| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,912,203 | Δ1 bp | 8.0% | coding (1449/2235 nt) | relA ← | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,912,203 | 0 | G | . | 8.0% | 371.5 / 25.9 | 113 | coding (1449/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/51); new base . (4/5); total (57/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTCAGCGCGGCGGCGTCCTGCTCTTCGGCACTCGGCTTATTAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAA‑CTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGAA > NC_000913/2911919‑2912485 | ttCAGCGCGGCGGCGTCCTGCTCTTCGGCACTCGGCTTATTAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAA‑CTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACg < 1:479118/288‑1 (MQ=255) 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aTTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACt < 1:727243/288‑1 (MQ=255) gTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGaa > 1:846298/1‑288 (MQ=255) gACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGAcc > 1:463754/1‑250 (MQ=255) | TTCAGCGCGGCGGCGTCCTGCTCTTCGGCACTCGGCTTATTAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAA‑CTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAA‑CCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGAA > NC_000913/2911919‑2912485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |