| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,859 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815859 | 3815940 | 82 | 62 [0] | [0] 63 | [rph]–[rph] | [rph],[rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815858 | 0 (0.000) | 56 (0.850) | 45/262 | 0.4 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815941 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH | |||||
AAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTT > NC_000913/3815801‑3816083 | acctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatagggctccttaaacatcagtcggccagcgccgccttctgcCGt > 1:474788‑M2/141‑143 (MQ=255)acctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgcccctcatcctaccttcctacagacaaaacaaacccgacccaccagacgccttaaaaatcagtttaccagagccgccttctgcCGt > 1:275290‑M2/141‑143 (MQ=255) gcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcccc > 1:817926‑M2/137‑143 (MQ=255) cttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCt < 1:1255191‑M2/8‑1 (MQ=255) cttaagcgcaaattcaatatgctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCa < 1:379504‑M2/11‑1 (MQ=255) cgcgcaaattcaataaactggcgctgatatgttttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaagtcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTc < 2:396691‑M2/15‑1 (MQ=255) cgcaaattctataaactggcgcagagatggagtcatgcctacgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa < 1:120074‑M2/17‑1 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatccgtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCCCTTCAat > 1:126101‑M2/126‑143 (MQ=255) ttcaataaactggcgctgatatggttacatgccttcgctcctcatcttacctttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgc < 1:396453‑M2/23‑1 (MQ=255) caataaccgggcgctgatatgctttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcgc < 2:362337‑M2/25‑1 (MQ=255) caataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcgc < 1:837886‑M2/25‑1 (MQ=255) aataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCCCTTCACTGATGCGcc > 1:1121170‑M2/118‑143 (MQ=255) gtggctgagaggttttcatgccttcgctcgtcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:43283‑M2/34‑1 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcaggccgtcgcgcgtcatcttacttgtctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:1205100‑M2/34‑1 (MQ=255) gctgatatggtttcatgccttcactcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtc > 1:189611‑M2/107‑143 (MQ=255) tgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttcttcagacgaaaaaaagcccactcatctgccgctttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACCTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 1:48218‑M2/39‑1 (MQ=255) tgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 1:1004857‑M2/105‑143 (MQ=255) acatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttcgacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 1:747320‑M2/41‑1 (MQ=255) atggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctccagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcaatttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt > 1:1017631‑M2/101‑143 (MQ=255) gtttcatgccttcgctcctcatcctcctatcctctacacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACg < 1:651262‑M2/46‑1 (MQ=255) ttcatgccttcgctcctcatcttatttttctacagtcaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcaggttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑tt < 1:341456‑M2/48‑1 (MQ=255) atgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTacg‑ttact > 2:651856‑M2/93‑140 (MQ=255) atgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCAt > 2:403455‑M2/93‑143 (MQ=255) ctgccttcgctcctcatctggcgtttctacagacaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATg < 1:929160‑M2/52‑1 (MQ=255) 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ctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCAGCAATGAAATGATTCGCGCGTATGAGCGCAGCACTACG‑TTAATGTCGGTCTCTGc > 2:967887‑M2/81‑143 (MQ=255) tcttacttttctccagacaaaaaaaaggcgactcgtcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCa < 2:160831‑M2/67‑1 (MQ=255) tcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCa > 1:1193400‑M2/77‑143 (MQ=255) ttactcctctacagacaaaaaaaaggcgcctcatccgtagccttaaaaatcagtctgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga < 1:652844‑M2/69‑1 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCTTCTTCGGTCATCAATACG‑TTCATGTAAATAACTGCAGCAGagtgt > 1:563269‑M2/71‑141 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 1:267617‑M2/71‑143 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgcctactgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAAG‑TCCATATCGGTCTCTGCTGCCGAGtcc > 1:1167337‑M2/71‑142 (MQ=255) tctccacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCtt < 1:254733‑M2/74‑1 (MQ=255) acagacaaaaaaagggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAAGGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACg < 2:650641‑M2/79‑1 (MQ=255) gacaaaaaaaaggcgactactcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGCCTTCGGTCATCTCCTCG‑TTCTTGTCTGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAt < 1:54674‑M2/82‑1 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTCCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACctagt > 2:980333‑M2/61‑141 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCAGAACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGACGCCGCGTCTTCGACgtact > 2:246336‑M2/61‑141 (MQ=255) aaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATc < 2:189611‑M2/90‑1 (MQ=255) aaaggcgactcatcagtcgccttaaaaagcaggttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATc < 1:403422‑M2/90‑1 (MQ=255) ggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCa < 2:1274562‑M2/93‑1 (MQ=255) 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tcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCATCGTCTTCCAGCTCGCAACCCGCTTCGCCg > 1:272438‑M2/38‑143 (MQ=255) ccttaaaaagcggtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTGCCATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTc < 1:530474‑M2/109‑1 (MQ=255) aaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCACGTCTTCGGCCATCCCTCCG‑CTCATCTCGGTCTCTGCGGCAGACTCTTCAACGTATACCAGATCGCAACCCCCCTCGCCGTTCACAAtt > 2:162188‑M2/29‑143 (MQ=255) tcgacagctccaccttctgcCTTCCTCTGCACTTCAATGATGCGCCTGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGa < 2:1003407‑M2/123‑1 (MQ=255) gcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACCATTCCGCCAGCAACTGc > 1:896905‑M2/15‑143 (MQ=255) gccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCACTGTTGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGAGCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCgg < 2:633314‑M2/131‑1 (MQ=255) gccgccttctgcCGTCCCCTGCACTGCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCTGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCgg < 2:180265‑M2/131‑1 (MQ=255) cgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCACTGCGCCGGTCACAATTCCGCCAGAGACTGCGgcc > 1:1237489‑M2/11‑142 (MQ=255) ctttctgcTGTTCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATGCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTAc < 1:157359‑M2/135‑1 (MQ=255) ccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAGCGGATTGGACATCCCAAACCGCTTCGGCGTGCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCCAc > 2:1120319‑M2/9‑143 (MQ=255) ttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCAACAGTAAATGCGgctaaaa > 1:156614‑M2/7‑140 (MQ=255) ctgcCGTCCCCTGCACTTCAATTATGTCTCCGTCTTCTGTCATCACAACG‑TTCATGTCGGTCTCGGCGGCAGAGGCGTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATc < 1:651856‑M2/139‑1 (MQ=255) ctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATc < 1:403455‑M2/139‑1 (MQ=255) cGTCCCCTGCCCTTCATTGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCCATACGATTGCTGTCTG‑CTCTGCGGCAGTGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCtt < 2:915060/143‑1 (MQ=255) | AAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACG‑TTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCTT > NC_000913/3815801‑3816083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |