| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,678,024 | C→T | intergenic (‑121/‑403) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,678,024 | 0 | C | T | 97.2% | 98.1 / ‑6.7 | 38 | intergenic (‑121/‑403) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (19/16); minor base G (0/1); total (20/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
TTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAAT > NC_000913/1677885‑1678150 | ttGGTATTCCAAGTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTATATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTa < 2:57819/143‑1 (MQ=255)ttGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTa < 2:601127/143‑1 (MQ=255)ttGGTACGCCAATTCGCATAACATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGCGGAAAGTATGCCCTCGTCCCCTGCCCCACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTa < 2:515452/143‑1 (MQ=255) aTGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGaa < 1:63335/143‑1 (MQ=255) 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2:459706/1‑143 (MQ=255) atatTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTCCTGAAAATTATGCCTGTGAt > 2:184184/1‑143 (MQ=255) cccTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAgc < 1:480657/143‑1 (MQ=255) cATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCaaa > 1:638321/1‑143 (MQ=255) tgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACACAGGGGTAATATATTGGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGc > 1:103321/1‑143 (MQ=255) tgtgTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCATTATTTAGGCGTGAACTCGCaa > 1:5318/1‑143 (MQ=255) 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1:284469/1‑143 (MQ=255) ctCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAACATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGAt > 1:7245/1‑143 (MQ=255) aTGTAACAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGt < 2:46327/143‑1 (MQ=255) gTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTgg < 1:651007/143‑1 (MQ=255) tACGAGCCAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTAT‑ATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGa > 2:607168/1‑143 (MQ=255) gaCGAGCTAACTGTTAAGCCGTTAAAATAAATGAGTAACAAACGCCCTCTAATGTTCTGAAAAGTATGCCGGTGATGTAGCGCCAAAAAGCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTggg < 2:435528/142‑1 (MQ=255) 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2:149479/1‑143 (MQ=255) aCTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGaa < 1:107250/143‑1 (MQ=255) taaatTAGTAACAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGACAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACAGCTTAGAACGCCGGATAAAg > 2:458420/1‑143 (MQ=255) aatTAGTTACAAACGCCCTACAATTTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGAGTGACCTCGCAAAATATTAACGATGCAGCCGTGATAGTGGGGTAAACACCTTAGACCGCCGGATAAAgtc < 2:101726/143‑3 (MQ=255) tAACAAACGCCCTACAAGCTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATaa < 2:391417/143‑1 (MQ=255) agcAAACGCCCTATAATGTTCTGTAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAAt < 2:675420/141‑1 (MQ=255) aaCAAACGCCCTATAATGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAAt < 1:574899/143‑1 (MQ=255) | TTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAAT > NC_000913/1677885‑1678150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |