| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (‑2/+1) | glpR ← / ← glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 98.2% | 178.7 / ‑4.1 | 56 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (27/28); total (27/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTG > NC_000913/3560316‑3560587 | gATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cgca > 1:194976/1‑140 (MQ=255) ccAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATc < 1:396979/142‑1 (MQ=255) aCAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATc < 1:145261/143‑1 (MQ=255) aGCGTCGAGCCCTGGGGGATGTGTGCCGCCACTTGGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGGGGCCTGGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAg < 1:225285/143‑1 (MQ=255) cGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGt > 1:9460/1‑143 (MQ=255) tCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGttt < 1:337497/143‑1 (MQ=255) gggccggtGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCGTTTTCGTCGGTCGGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTg < 2:986974/136‑1 (MQ=255) gAGCCTTTGGGGTTTTGCTCCGCCCCTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTg < 2:689054/143‑1 (MQ=255) gAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTg < 1:1103346/143‑1 (MQ=255) aTTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCCCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCg > 1:712277/1‑143 (MQ=255) tttGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGCTCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCa < 1:595938/143‑1 (MQ=255) tGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCTCCGCACCTCCATGATGG‑CGAAGGAACAGTATTTACTCCGCCAGCTCAtt < 1:854990/143‑1 (MQ=255) tCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAg > 2:915680/1‑143 (MQ=255) cGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTACGCCAGCTCATTGAggc > 2:923535/1‑142 (MQ=255) gCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTCCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 1:759629/143‑1 (MQ=255) ccACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTcg > 1:185179/1‑143 (MQ=255) aCTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTcgcg > 1:996290/1‑143 (MQ=255) tctcgtgggcggggcgCTCCGTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGGTCGGGCCACGGCGTGTTCACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCgcg‑g < 2:683874/137‑1 (MQ=255) tGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTGTTTGTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGa > 1:902594/1‑143 (MQ=255) gggCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATa < 1:1122581/143‑1 (MQ=255) ggCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTCAACCGAACTGGAACGCAGCGCCGCACCGCCAGGATGG‑CGCAGGAGCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGACTAg > 2:1112237/1‑143 (MQ=255) gCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATCGAGGTCGCG‑GCGAATCGt > 2:99013/1‑143 (MQ=255) tGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGTTCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGATGGCAGCGCCGCACTGCTATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGc < 2:322598/143‑1 (MQ=255) cgcTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCGACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCgg < 1:486858/143‑1 (MQ=255) cgcTCGTTGTCTTCGGTCTGGGTGGCGTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAGGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCgg < 2:33621/143‑1 (MQ=255) gcTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCGGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCggg > 1:1078536/1‑143 (MQ=255) ctTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTg > 2:893896/1‑143 (MQ=255) tttCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGACTAGTCTGCGGGCTGCCg > 2:337608/1‑143 (MQ=255) tgtcttcGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACg < 1:528023/141‑1 (MQ=255) ttcGGTCTGGGTGGCCTTGCGGTCGTGCCGCGGCGTGTGAGCCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGgaga < 1:517885/143‑1 (MQ=255) ttcGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCCTTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGgaga > 1:472447/1‑143 (MQ=255) tcGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGCTCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GGGAGTTGCCGTCGTGCTGACggggga > 1:782824/1‑139 (MQ=255) cGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGaaa < 2:986089/143‑1 (MQ=255) gTGGCCCTGCGAGCGCGCCCCGGCGGGTTGGCCGAGCTGGGAGGCAGCGCCGCAACGCCGTGATGGAG‑CAGTTGCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGCATAGTCCGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTAc < 2:76624/143‑1 (MQ=255) gcgCCGTGCGATCGGGCCACGGCGTGTTATCCGAACGGGGAGGCCGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGAGCAGGTTTTGCCCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTAcc < 2:53319/141‑1 (MQ=255) ccgtGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAGCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGc < 2:1100815/140‑1 (MQ=255) aTCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGCTGGGATCAGC‑GCGGGCTGCCGGAGAAAGGCTCTACCAGCTCTTCga > 2:1128499/1‑142 (MQ=255) cgCCACGGCGCGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACt < 1:468635/142‑1 (MQ=255) gCCACGGCGTGTTAGCGGCACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTg < 2:784641/143‑1 (MQ=255) ccACGGCGTGTTAACCGAACCGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGa < 1:144922/143‑1 (MQ=255) cACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGAc < 1:1082303/143‑1 (MQ=255) aCGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACa > 1:553511/1‑143 (MQ=255) gtTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCGCATTGAAACAACG‑CATGAGTGTGTTTGTGCTGCCGGAGCAATGCGCTACCAGCTCTCCGGTCCTGACATAACCct > 1:538623/1‑143 (MQ=255) ccGAACTGGAAGGCCGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGGAATGATCTAGCAGCTCTGCGGTACTGACATAACCCTCCTGt > 2:221688/1‑143 (MQ=255) ccGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGt < 1:962081/143‑1 (MQ=255) cGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCGTTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGACATGCTCTACCAGCTCTCCGGTACTGACGTAACCGTGCTGtc > 2:46346/1‑142 (MQ=255) aaCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGGCGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGGCATAACCCTGCTGTTTa > 1:1051621/1‑143 (MQ=255) tGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTCTGCTCCGCCGGCTCCTTGAGGTCGCG‑GCGCATAGTCTGCGGGCTGCCGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTACGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAAcc > 1:288268/1‑143 (MQ=255) ggAAGGCAGTGCCGCCCCGCCAGGATGG‑CGCAGGATCAGGTTGTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCa < 1:1112237/143‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTg > 1:129316/1‑119 (MQ=255) aaGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTg < 2:129316/119‑1 (MQ=255) aGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGCGAAATGCTCTACCAGCGCTTCGGTTCTGCCATACCCCTGCTGTTCTACCAGCTCCat > 1:20224/1‑143 (MQ=255) gcgcCGCCCCGCCAGGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGata < 1:719929/143‑1 (MQ=255) gccgcACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGataat > 1:101182/1‑143 (MQ=255) gcACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCC‑GCGACTAGTCGGCGGGCTGACGAACAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACCGACATAACCCTCCTGTGTAACCCGTTCGAAAAGAcc > 2:289497/1‑143 (MQ=255) cGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACCGCGCAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTtg > 2:632721/1‑143 (MQ=255) ccATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGCGATAGGCCTTCGGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTtgtg > 1:486009/1‑143 (MQ=255) | GATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCG‑GCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTG > NC_000913/3560316‑3560587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |