| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 97.1% | 201.0 / NA | 72 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (34/33); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCC > NC_000913/4184404‑4184680 | cgggCGGTTAAACGCCGTATCCAGCGTGGTGACAAGATGGCAGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt < 1:1063424/141‑1 (MQ=255)cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 1:607061/1‑143 (MQ=255)cTGGCGGTTAAACGCCGTATACACCCTGGTCAAAAGATGTCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt > 2:1140442/1‑143 (MQ=255) tGGCGGTTAAGCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTg < 2:84292/143‑1 (MQ=255) tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTg < 1:64336/143‑1 (MQ=255) ggCGGTTGAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 1:529172/143‑1 (MQ=255) cgCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 2:153222/142‑1 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTAGGCGTACCGt > 1:448576/1‑143 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGGTGGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGGCGGTAGACATCGTACCGAACCAGGTGGGCGTGCCGtcg > 1:121166/1‑142 (MQ=255) ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACACCGGTAGACATCGTACTGAAACAACTGGGAGGACCGacta > 2:718260/1‑142 (MQ=255) gTATGCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAGTGTCTAAGATGAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGACGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGt < 1:76917/143‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:849929/143‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGTGACAGGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGa < 2:803724/143‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGa < 1:397767/143‑1 (MQ=255) caccccggTCACACGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACGAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAAATGCCGTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 2:751593/137‑1 (MQ=255) 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1:753267/143‑1 (MQ=255) cAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGa < 1:637408/143‑1 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACATCGGTCAGAt > 2:637574/1‑143 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGAt > 1:636024/1‑143 (MQ=255) cgATGGCAGGTCGTCGCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCATCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 2:62149/142‑1 (MQ=255) aGATGGCAGGTCGTCACGGGAACAAGGGTGTAATTGCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCAGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc > 2:772733/1‑143 (MQ=255) gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAAGCCGATGGAAGATAGGCCTTACAATGAAAACGGTACGACGGTAGAAATAGAAGTGAAGCAGCTGGGCGTCACGGCACGTATGAACAGCGGACAGATGCTcaa > 2:730844/1‑141 (MQ=255) cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACCGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTATGGACATCGGTCAGACCCCCGaa > 2:903039/1‑143 (MQ=255) cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATAGTACTGAACCAGCTGGGCGTACGGTCTCGTATGAACAACGGCCAGATCCTCGaa > 2:797498/1‑143 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGCTATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 2:106343/143‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:392173/143‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa > 1:990690/1‑143 (MQ=255) gtcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGCACTGAACCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTATGAACATCGGCCAGATCCTACAAAcc > 2:734222/1‑143 (MQ=255) ggTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTCGACATCGTACTGACAAAGCTGTCCGTACCCTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg > 1:217919/1‑143 (MQ=255) aCATGGGTGTATGTTCTAAGATCAACCCGATCGACGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGATCCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATg < 2:645355/143‑1 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGGACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCGCCTAGGTATGGc > 2:114185/1‑143 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGc > 2:683179/1‑143 (MQ=255) 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aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGGACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa < 1:789666/143‑1 (MQ=255) cccGATCGAAGATATGCCTGACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa < 1:420824/143‑1 (MQ=255) gATCGAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCa < 1:54929/143‑1 (MQ=255) aTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATTAACATCGGTCAGATCCTCAAAACCCACCCGGGTATGGCTGCCAAAGGTATCGGCGCCAAGATCaa > 2:2236/1‑143 (MQ=255) gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTCGGGATACATGCGAAAGGTAGCAGCGACAAGATCCACGc > 2:450611/1‑143 (MQ=255) aaGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAACCAACCGTTACGGCTGGGCGTCGCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGcc < 1:490387/143‑1 (MQ=255) atatGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACATCTTACTCAACCTGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATg < 2:560081/143‑1 (MQ=255) atGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAGCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGAACGGCTCACCGCCATGCt > 1:1068204/1‑143 (MQ=255) gCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTGTCGTGTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGCGTATGGCTGCGAAAGGTCTCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGa > 1:668346/1‑143 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCATCGTACGAAAATCGGTCAGATCAACGAAACCGACCTGAGTACGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACCAGATCAAGGCGATGCCGaaag > 2:304428/1‑142 (MQ=255) tACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAca > 2:466254/1‑143 (MQ=255) 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1:1150159/1‑143 (MQ=255) aCATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcgc < 2:867440/143‑1 (MQ=255) tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa > 1:403093/1‑143 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 1:1065919/143‑1 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCCACGCCATGCTGAAACAGCAGGCAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAttga > 1:1108482/1‑141 (MQ=255) cTGAGCCAGCTGGCCGTGCCGTCTCGGATGAACATCGGGCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAGGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCAt < 2:604948/143‑1 (MQ=255) gAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATcc < 2:636024/143‑1 (MQ=255) gAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAGCAACGCCATGCTGAAACCGCAGGAGGAAGGCGCGAACCCGCTCGACTTCAtgc > 2:951333/1‑141 (MQ=255) | CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCC > NC_000913/4184404‑4184680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |