Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,596,352 | T→G | 18.2% | S121R (AGT→AGG) | lgoD → | L‑galactonate oxidoreductase; L‑gulonate oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,596,352 | 0 | T | G | 18.2% | 201.1 / 4.6 | 106 | S121R (AGT→AGG) | lgoD | L‑galactonate oxidoreductase; L‑gulonate oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/46); new base G (13/10); total (50/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCT‑GTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGTGTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGC‑GGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCG‑AACATTTTGCCCGCAGACGG‑TATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTAT‑TAG‑CGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATC‑GCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCCGGCGCGCCGTG > NC_000913/4596114‑4596587 | ccattatTCCTGCCTGGGTTGTAAATCACGCATTTTTTTATTATCCGTTTTTTTCAGGGCAGTAAATATGTGGGGATATTGATGGGCTGGGTAAACATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCT‑GTTATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCAAGGCCCGGCGTGTAAAAGCGGGCGTACCAATTGTTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCTGGATGGC‑GGTTTTAGt < 2:79936/235‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |