Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 454,195 | T→G | 11.7% | intergenic (‑28/‑277) | yajG ← / → bolA | putative lipoprotein/stationary‑phase morphogene, transcriptional repressor for mreB; also regulator for dacA, dacC, and ampC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 454,195 | 0 | T | G | 11.7% | 224.4 / 2.5 | 110 | intergenic (‑28/‑277) | yajG/bolA | putative lipoprotein/stationary‑phase morphogene, transcriptional repressor for mreB; also regulator for dacA, dacC, and ampC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/52); new base G (16/5); total (52/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTAACGATTTGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCATCATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGACGAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCTGTGTTTCAATCTTTAAATCAGTAAACTTCATACGCTTGACGGAAAAACCAGGACGAAACCTAAATATTTGTTGTTAAGCTGCAATGGAAACGGTAAAAGCGGCTAGTATTTA > NC_000913/453962‑454429 | gttatgatttgatttTCGGGGGTGATTTTTGCCAGCGGCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACATCAATAGTTGTTGGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGttt < 2:261779/233‑1 (MQ=255) tGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGTTTTT‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGGAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTT‑AGAAACTCCTAA‑GCGGGTTTGGGAAAAAt > 1:492528/1‑238 (MQ=255) tGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGGAAAAAt > 1:1014835/1‑238 (MQ=255) tGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGTTTTG‑CGCAACCTGCAAGCATAAACAGAGCACCTAACGGGCAGAGGATTTTTTTGGACATGTTCGGGCCCTC‑CAAGACCCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAAt > 1:259072/1‑238 (MQ=255) aTTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGGTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTTAACATGTTCGGGGTCTC‑AAGGAACTTTTA‑GCGGGGTTTGGAAAAATTc > 1:1201432/1‑238 (MQ=255) tATCGGGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGTTTTG‑TGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCg < 1:448102/239‑1 (MQ=255) tATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCTGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGAAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTTGGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCg < 1:127550/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |