| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,923,359 | A→T | 10.5% | intergenic (+45/+6) | ryeA → / ← yebY | novel sRNA, function unknown/DUF2511 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,923,359 | 0 | A | T | 10.5% | 250.1 / 5.2 | 91 | intergenic (+45/+6) | ryeA/yebY | novel sRNA, function unknown/DUF2511 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/56); new base T (9/2); total (33/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TTCCTGTATTCGGTCCAGGGAAATGGCTCTTGGGAGAGAGCCGTGCGCTAAAAGTTGGCATTAATGC‑AGGCTTAGTTGCCTTGCCCTTTAAG‑AATAGATGACGACGCCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAATGTTAAAAACCGCCCGTTCTGGTGAAAGAACTGAGGCGG‑TTTTTTTATTGGAAATCAAAAGGCTAT‑TTTAGGTAATTAACAGAGTTTTTCAGCTCGTTCTAT‑AAACGGTGCCAGACTCATTTTTTCG‑CCGGGATTGTTAGGATCATCAATCTGAATCACCGAAATGGGTTGGGCATTGG‑TCTTCCCACTGGCAACTTCCTTTTGTGCGATATCGTTTAAAGGATACTGCACGAGGGTACTCGGATTAATAACATACAAAGCATTACCCGGTCGGCAAGTCAGCATCACCTCTTCGCGATTAAAC > NC_000913/1923123‑1923593 | ttCCTTTAGTCGTTTCAGGGAAATGGCTTTTGGGAGAGGGCCTGGCTATAAAGGTTTGCATTTATGT‑ATGCTTATTTGCCGTGCCCTTTAAG‑AATAGTTGACGACGCCAGGTTTGCCAGTTTGCTTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAATGTTAAAAACCGCCCGTTCTGGTGAAAGAACTGAGGCGG‑TTTTTTTATTGGAAATCAAAAGGCTAT‑TTTAg < 2:49142/238‑1 (MQ=255)ttCCTGTATTCGGTCCAGGGAAATGGCTCTTGGGAGAGAGCCGTGCGCTAAAAGTTGGCATTAATGC‑AGGCTTAGTTGCCTTGCCCTTTAAG‑AATAGATGACGACGCCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAATGTTAAAAACCGCCCGTTCTGGTGAAAGAACTGAGGCGG‑TTTTTTTATTGGAAATCAAAAGGCTAT‑TTTAg < 1:590092/238‑1 (MQ=255) ttCGGTCCAGGGAAATGGCTCTTGGGAGAGAGCCGTGCGCTAAAAGTTGGCATTAATGC‑AGGCTTAGTTGCCTTGCCCTTTAAG‑AATAGATGACGACGCCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGGCTGGTGGTAATCAGCTGAACGTGTAAAAACCGCCCGTTCTGGTGAAAGAACTGATGCGG‑TTTTTTTCATTGAAATCAAAAAGGCAT‑TTTTGGTaagaaca > 2:366544/1‑234 (MQ=255) ttCGGTCCAGGGAAATGGCTCTTGGGAGAGAGCCGTGCGCTAAAAGTTGGCATTAATGC‑AGGCTTAGTTGCCTTGCCCTTTAAG‑AATAGATGACGACGCCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAATGTTAAAAACCGCCCGTTCTGGTGAAAGAACTGAGGCGG‑TTTTTTTTTTTGGAATCAAAAGGCTAT‑TTTTGGTAATTAAc > 1:789713/1‑239 (MQ=255) 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TTCCTGTATTCGGTCCAGGGAAATGGCTCTTGGGAGAGAGCCGTGCGCTAAAAGTTGGCATTAATGC‑AGGCTTAGTTGCCTTGCCCTTTAAG‑AATAGATGACGACGCCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAATGTTAAAAACCGCCCGTTCTGGTGAAAGAACTGAGGCGG‑TTTTTTTATTGGAAATCAAAAGGCTAT‑TTTAGGTAATTAACAGAGTTTTTCAGCTCGTTCTAT‑AAACGGTGCCAGACTCATTTTTTCG‑CCGGGATTGTTAGGATCATCAATCTGAATCACCGAAATGGGTTGGGCATTGG‑TCTTCCCACTGGCAACTTCCTTTTGTGCGATATCGTTTAAAGGATACTGCACGAGGGTACTCGGATTAATAACATACAAAGCATTACCCGGTCGGCAAGTCAGCATCACCTCTTCGCGATTAAAC > NC_000913/1923123‑1923593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |