| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,767,039 | A→T | 6.1% | N235Y (AAT→TAT) | yibA → | putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA; HEAT‑domain protein; lethality reduction protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,767,039 | 0 | A | T | 6.1% | 234.5 / 4.9 | 66 | N235Y (AAT→TAT) | yibA | putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA; HEAT‑domain protein; lethality reduction protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/25); new base T (2/2); total (39/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
GATTAATCTGTTAAAAGATCCAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGG > NC_000913/3766828‑3767266 | taTTAATTTTTTAAAAAATCCAAATGGGGATGTCAGAAACTGGGCCGGATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATgatgat < 2:336306/228‑1 (MQ=255)gATTAAGCTGTTAAAAGATCCAAAGGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGGGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATgatgat < 1:416869/229‑1 (MQ=255) 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cATTTGCAATAAATATCAATAAATATGAAAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTTGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATgaggat < 2:601938/182‑1 (MQ=255) ttGCAATAAATATAAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGtttt < 1:92161/229‑1 (MQ=255) ttGCAAGAAATAGCAATAAATATGATAAATGTGAAATTAGGGATTGATTTGGGGGGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATGGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGtttt < 2:263079/229‑1 (MQ=255) taaattttaataaatatGATAATAGTGATATTTGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGGCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATa < 2:744142/228‑1 (MQ=255) 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atatTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATa > 1:463349/1‑132 (MQ=255) atatTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGTTGAATAAGAGGATAAAACGCTAATTCCTGTTTTAGAAACGATGTTTTAAAAGTTGCATAACAATGa > 2:187182/1‑229 (MQ=255) atatTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAAGGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGa > 1:83517/1‑229 (MQ=255) atatTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAAAGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTAAAGACaaaaa > 2:669072/1‑226 (MQ=255) 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aaaTACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCCCGGGGCAGATGCCCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCGGGAGGGCCggg > 2:501746/1‑229 (MQ=255) | GATTAATCTGTTAAAAGATCCAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTTAAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGG > NC_000913/3766828‑3767266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |