Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | 100% | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0% | 270.3 / NA | 81 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (47/34); total (47/34) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTCGAGAAGAAACTCGAAGCGAAACGCCGCAAAATCACCCAGGGCGACGATCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCAGCGATGAAGAAGTTATGCGTCTGGCTGAAA > NC_000913/4184317‑4184767 | tgcGAGAATAAACTCGAAGCGAAACGACGAAAAATCACCTAGGGCGACTATCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGc < 1:542907/227‑1 (MQ=255) cGAGAAGAAACTCGAAGCGAAACGCCGCAAAATCACCCAGGGCGACGATCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTCATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGCCGGAAGAAAACGTAATAAACCAGCt > 2:264500/1‑228 (MQ=255) agaaACGCGAAGCGGAACGGCGGAAAAGCACCCAGGGCGACGATCTGGCACCGGGCGTAGTGAATATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt < 1:425139/229‑1 (MQ=255) cgcGAAGCGATGCGCCTCAAAATCACCCAGGGCGCCGATCGGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTCAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGACGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTGCTAAGATCCACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt < 1:258795/227‑1 (MQ=255) cTCGAAGGTAAACGCCGGAAAATCCCCTAGTGCTGCGATCTGGCCCCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATACAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTGCTAAGATGAACCCGATCGAAGATCAGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGt < 1:498560/229‑1 (MQ=255) aaCGGCGAAAAAACACCCAGGGCGACGATCCGGCCCCGGGCGTGGTGAAGATTGGTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:285597/229‑1 (MQ=255) aCGCCGCAAAATCACCCAGGGCGACGATCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGGATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCACCTGGGGGTACCGCCCCGTATGac > 1:206335/1‑227 (MQ=255) cgccgcAAAATCCCCCAGGGCGACGAGCTGGCACCGGGCGTGCTTAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACa < 1:388620/229‑1 (MQ=255) agcggcAAAAGCCCCCAGGGGGCCGATCTGGCACTGGGCTTGCGGAAGTTTGTTAAGGGATATCTGGTGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACa < 2:135201/225‑1 (MQ=255) aTCACCCGGGGCGACGATTTGGGACCGGGGGTGCTGAGGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTTTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGa < 2:85163/229‑1 (MQ=255) aTCACCCAGGGCGACGATCGGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGGTAAGGTATAGCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGa < 1:189709/229‑1 (MQ=255) cccAGGGCGACGATTTGGCCCCGGGCGTGCCGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 2:219953/229‑1 (MQ=255) ggCGACGAGCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTCCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:524981/229‑1 (MQ=255) cgagggtCTGGCCCCGGGCGTGATGAAGATTGGTAAGGTATATTGGGCGGTTAAACGCCGGATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAAcc < 2:213761/223‑1 (MQ=255) cgaTCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCTGATGAACATCGGTCAGATCCTCGaacacca > 1:247626/1‑223 (MQ=255) cgaTCTGGCACCGGGCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCGGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAc < 1:162181/229‑1 (MQ=255) ggCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGCTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATACGCCTTACGATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAACTGGGCGTACCGCCTCGTATGACAACCGGCCAGATCCCCGAAACCCCCCTGGGGATGGccg > 2:399387/1‑227 (MQ=255) ggCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTTGGCGTACCGTCTCGTATGAACGTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTTTGGCt > 1:29845/1‑228 (MQ=255) ggCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGGATGGCt > 1:386214/1‑228 (MQ=255) ggCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGAGGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCCTACTGAACCAGCAGGGCGTACCGTCCCTGATGAAAAACGGCCAAAACCTCGAAACCCACCTGGGGATGGcgg > 2:659732/1‑227 (MQ=255) ggCGTGCTGAAGATTGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGGGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGGACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGAACATCGGTCAGATCCCCGAAACCCACCTGGGTACGGcg > 1:297354/1‑227 (MQ=255) tGTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGAACCGTCCCGTATGAACATCGGTCAAATCCTCGAAACCCCCCTGGGCATGGCTGCGAAAGGGATccga > 2:683078/1‑226 (MQ=255) gTTAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGGATGAACACCGGTAAGATCCTCGACACCCACCTGGGGATGGCTGCGAAAGGTACCGGc > 1:206962/1‑228 (MQ=255) ttAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 1:472273/162‑1 (MQ=255) ttAAGGTATATCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc > 2:472273/1‑162 (MQ=255) atatTTGGCGGTTAAACGCCGTATGCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 2:312908/228‑1 (MQ=255) tatCTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGGACATCGGTCAGATACTCCGAACCCACCTGGGAATGGCTGCGAAAGGTATTGGCGACCAGaaaa > 2:749348/1‑226 (MQ=255) gggCGGTTAAACGCGGTTTCAGGGCTGGTGACAAGGTGGCAGGGGGTACCGGGAACAAGGGTGTAATTTCCAAGATCAACCCGATGGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGc < 2:245629/228‑1 (MQ=255) gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTTTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGGGAAAGGAATTGGGAACaaaacacaaccca > 2:478525/1‑218 (MQ=255) gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACAGCCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAAGGATCGGCGCACACACCAACGCC‑a > 2:478553/1‑229 (MQ=255) cGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGCCGACAAGATCAACGCC‑At > 1:496468/1‑229 (MQ=255) aaaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGTAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGCATGGCTGCGCAAGGGATCGGCGACAAGGTCAACGCC‑ATTCTGa > 1:394219/1‑229 (MQ=255) aCGGCGTAGCCAGGCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTGTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCCTACGAGGAAAACGGTACGGCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGTTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGaaa < 1:2787/229‑1 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGGCTGGTGACAAGATGGTAGGGAGTCAAGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGGTTAACCCGGTCGAAGATAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAGCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGaaa < 2:386214/229‑1 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGAAGGCAGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGaaa < 1:170859/229‑1 (MQ=255) 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1:632760/226‑1 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGGATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTg > 1:64695/1‑228 (MQ=255) tGGCAGGTCGTCCAGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcg < 1:378234/229‑1 (MQ=255) tGGCAGGTCGACGAGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcg < 1:556595/229‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGCTATGGCTGCGAAAGGTATCCGCGACAAGATCAACCCCAATGTTGAACCA‑CAACAAAAAGGAGCGAAAccacgg > 2:300565/1‑224 (MQ=255) ggTCGGTACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:153456/228‑1 (MQ=255) gtcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGCCAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTGGCGAAACTGCGCGAAtt > 1:271355/1‑229 (MQ=255) gtcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGGGAAtt > 1:34401/1‑229 (MQ=255) cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCCAAGAGCAACCCGATCGAAGATATGCATTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATcc < 2:642462/229‑1 (MQ=255) aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGCCAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGAGCGAATTCATCCa > 1:161638/1‑229 (MQ=255) aaCAAGGGTTTAATTTCTAAGATCAAGCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAgcg < 1:419892/227‑1 (MQ=255) 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> 1:628338/1‑227 (MQ=255) gtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCATCGTGGGTACGATc > 1:521303/1‑229 (MQ=255) gtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑AAGCTGAAACAGCAACAAGAAGTCGCGAAACTGCCGCAATTCATCCAacgtcgggagaaac > 2:91959/1‑219 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGATc < 1:399387/228‑1 (MQ=255) 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ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCAAGCGCGCGAACGATCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGGTGACCTgtgt > 1:704371/1‑229 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGACCGTAAAGTGCTGCATGACACAGCTGGGCGACCCGGTTCGTATGAACATCGATCAGTTCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTCACGTTCGTCCGAAAGTGGTCATGAGt < 2:394219/229‑1 (MQ=255) tACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGGATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTCGACCTGAgca > 1:684644/1‑227 (MQ=255) cGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGCCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGCTCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGCAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTGACGTGCGTCCGAAAGTTCACCTggctaac > 1:146496/1‑223 (MQ=255) cGATGAAAACGGCACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACCAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTCCGCGAATTCATCCCGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTTACCTGAGTAcc > 1:121972/1‑229 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa > 1:670828/1‑78 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 2:670827/78‑1 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATAAACGCC‑ATGCTGCAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGGCCGTACGACCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTCAGTACCGTCAg > 1:266444/1‑229 (MQ=255) 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> 2:445244/1‑224 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGAc < 1:504804/91‑1 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGAGCTGGGCGCTGCCGTCAGTCAGAAAGTTGACCTGAGGACCTTCAGCGTGGAAGAAGTTATCGGTCt > 1:678810/1‑228 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGAGAAAGGTATCGGCGAc > 2:504804/1‑91 (MQ=255) tACTGCACCAGCTGTGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCC‑ATGCTGAAACAGCAGCAAAAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGCCGCTGACGTTCGCCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCATCCATGAAGAAGTTATTCGACTgt > 1:197730/1‑227 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |