| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,253,509 | T→G | 12.0% | V165G (GTG→GGG) | ubiA → | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,253,509 | 0 | T | G | 12.0% | 160.2 / 2.2 | 78 | V165G (GTG→GGG) | ubiA | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/31); new base G (8/6); total (41/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253282‑4253737 | cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCCAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTg > 1:632087/1‑229 (MQ=255)cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTg > 1:149486/1‑229 (MQ=255) agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGCAGCGGCATACCCATCTACCGCAAGTGGGCCTGGGCGCGGCGTTTGGGTGGTCGGTTCCAATGGCTTTTGCCCCTGTGGGGGAGTCGGGCCCGTTGGGTTGCTg > 2:344968/1‑228 (MQ=255) agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGTGAGTCGGTGCCTTTGGGTTGCt > 1:734462/1‑227 (MQ=255) gagGCGCGCGCGCTAGTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTGCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTTGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTgg < 1:112348/228‑1 (MQ=255) gcgcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGCCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGGTAATg > 1:390506/1‑229 (MQ=255) gcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGGGAGTCGGGGCCGTTGAGTTGCTGGTTATTGtt > 1:330568/1‑229 (MQ=255) gtggttttttGTCGTGCTGGTTCTGTTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATGCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTGATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTc < 2:208752/222‑1 (MQ=255) ctttttGTCGTTCTGGTTCTGATTTCGGTTTTCCTGGTGCTGACGGTGAATACGGTGACCATTTTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCCTGGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCt < 2:501778/224‑1 (MQ=255) 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> 2:162532/1‑229 (MQ=255) ttttGTTTTTGCGGGTGCTGGCGCTGAATACGATGCCCTTTCT‑TTGTGCGGTTGCCGCGCTGGGGCTGGCGGGGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATACCAATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGc < 2:603654/229‑1 (MQ=255) ttgttttttACGGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATCCCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGc < 1:248429/224‑1 (MQ=255) gttttttACTGGGGCTGACTGTGAAGACGATTCCCATTCTGTTTG‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTa < 2:526141/227‑1 (MQ=255) 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1:603655/1‑220 (MQ=255) tACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGGTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGacac > 1:559957/1‑229 (MQ=255) aCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACg < 1:489341/229‑1 (MQ=255) ggTGCTGACGGTGAATCCGTTGACCATTCTGTTGG‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAg < 1:462934/229‑1 (MQ=255) 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1:642392/229‑1 (MQ=255) ttCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACAGGCAGAATGCGATGGTTGACCGCgatgatga > 1:429822/1‑229 (MQ=255) tCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCACGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGGGTTAGTCGGTGCCATTGGGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTAGGAGCGCCATTATGCAGTGGGTGACcggctgggtggg > 2:542059/1‑219 (MQ=255) ttttgt‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGGAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGAtgt < 1:686838/227‑1 (MQ=255) 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CGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253282‑4253737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |