| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,131 | G→A | 20.3% | A337T (GCC→ACC) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,131 | 0 | G | A | 20.3% | 75.9 / 19.4 | 46 | A337T (GCC→ACC) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/14); new base A (3/6); total (26/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
GGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACG > NC_000913/1195903‑1196353 | ggCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACCCTGGCAAAGGGATCGGCATTAAAGCCGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg < 1:325064/229‑1 (MQ=255)ggCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGGTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg < 1:478260/229‑1 (MQ=255) cccGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg < 2:171300/227‑1 (MQ=255) cccGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg > 1:171300/1‑227 (MQ=255) ccGTGGCTGAAAGTTAAAACCCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAAcc < 2:70402/228‑1 (MQ=255) aaGTTAAAACCCCGAACAGTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTa < 1:626002/228‑1 (MQ=255) aaaaCCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGCATCGGTATCC‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAAGGCGCCCTGTTTGAAGCACCCCCCGGTACACCGcc > 2:338850/1‑229 (MQ=255) aTCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGGGACGAATGCGCCCGTTGTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGCAACATGCCGGTC‑GGGCAAAg > 1:599777/1‑228 (MQ=255) tAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCCCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCt > 1:695097/1‑229 (MQ=255) 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> 2:234804/1‑229 (MQ=255) tGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCCACCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGCCAACGTAAATCCTGCCTCta > 1:306348/1‑228 (MQ=255) ggtGCTTTCCTGCAACAGATCCTGCCGCGTCCGGCTGAAGATGATGTTGTCGCCTATATGAACCTGAACGGTGACTTCATTTCTGACGACCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAATATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATtct < 2:467248/225‑1 (MQ=255) gaggCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATtctct < 1:486997/226‑1 (MQ=255) 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> 1:491627/1‑227 (MQ=255) tCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CACCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAACCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGGCCGGCAAAAGTACTACCTGGCTTTCTTCTTCTCACCGCTGAAGTGATGGTGGGCCAAATGGGt > 2:693355/1‑229 (MQ=255) ggCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTCCTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTTTCCGCTTAGATGGTGCTGCGCCACCTGGGTTgt > 2:40540/1‑228 (MQ=255) ggCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTg > 1:173239/1‑228 (MQ=255) 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> 2:250968/1‑229 (MQ=255) tATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCATGTTTGAAGCCCCCCGCGGGACTGCGCCGAATTATGCCGGTCAGGACAACGTAAATCCTGGCTCTGTTCTTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCACCACATGGGTTGGGCGCAATAGCCTGCCTTAATtttt > 2:606439/1‑229 (MQ=255) tATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGGATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGGGAAGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATTATGCGCCACATGGGTTGTACCGAAGCGGCTGACTTAATTGtt > 2:673414/1‑229 (MQ=255) aTGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTa < 2:477542/229‑1 (MQ=255) ccTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCCATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGCAGCGGCTGCCTTAATTGTTTAAGGt > 1:698624/1‑229 (MQ=255) aaCGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCAGCTGGATTACTTGTTACAggactgg > 1:299598/1‑224 (MQ=255) aaCGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGGGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGGGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACGGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAggaaggg > 1:250237/1‑224 (MQ=255) cATTTCTGACGCCCTGGCAGCTCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATc < 1:302450/229‑1 (MQ=255) tCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAAGGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCCCTATTATTCGCTCCCCTGAAATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAGGCGGCTGCCTTAATAGTTAAGGGGATGGAGGGCGCAATAAAcg > 1:344937/1‑229 (MQ=255) gACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGa < 1:184958/229‑1 (MQ=255) gcGCCCTGGCCGCGCAGGTTGGCGGTTTCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGGGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACCGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCGCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGa < 2:698623/227‑1 (MQ=255) aCGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGGATGGAAGGCGCAATCAAcgcg > 1:509026/1‑227 (MQ=255) gcgcGGGTTGGGGGTTTCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACCTCGGTGACGAATGCGCCCTGGTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCt < 2:305732/229‑1 (MQ=255) cgcAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGGCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATCCTGCGCCACAAGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACCGAATTGTTAAAGGGATGAAAGGGGCAACCAAAGGCAAAACCTTAAccat > 2:352040/1‑227 (MQ=255) 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1:673415/228‑1 (MQ=255) g‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTAGAGTGTCTgctgg > 1:220528/1‑226 (MQ=255) gtcAAACCTCGGTGACGAATGCGCCCTGGTGTAAGCCACCCCCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTaaa < 1:338850/227‑1 (MQ=255) cGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCCATCAACGCGAAAACCGTAAACTATGACTTCGAGTGTCGGATGGTGGGCGCTAAAACGCGGaaa > 2:636194/1‑229 (MQ=255) ggTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCGCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCCGGACAACGTAACACCTGGCTCTATTCTTCTCTCCGCTGAGCTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGCACCGGCTGACTTAGTTGTTAAAGTGATGGCAGGGGCAATCAACGCGAAAACCACAACCTATGACTCCGAGCGTGTTAGGGATGGTGCTAAACAGCTGaaaa > 2:497512/1‑228 (MQ=255) aaTGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGCCCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGACATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAAACCCTGAAATGTTCaga > 1:401861/1‑229 (MQ=255) tttGAAGCCACCCCCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg < 2:446582/229‑1 (MQ=255) | GGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACG > NC_000913/1195903‑1196353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |