| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | 100% | intergenic (‑271/‑264) | insA ← / → uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 86 (0.530) | 52/502 | NT | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 140 (0.860) | 80/502 | NT | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACAGAAAATACCCATAGCTCCATACCCGGAGTCAGTTTTTAAAAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCGTCTTTATAATGAAAATGATGCCAAAGCGAACGACAAGGTTGTAGTTTTCACTA > NC_000913/2289831‑2290400 | aGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAAc > 1:589562/1‑288 (MQ=31) 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tACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTa > 2:252167/1‑288 (MQ=33) acggctacATGCAGTGAATGCGTGGAATGGGTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGTGGTAAAACGGCTCAATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGTCAGAAGCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTCTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTTACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccac < 2:659829/286‑1 (MQ=11) gcatgcaGTGAATGCGTCGCATGGTTTCCAGCGGAAAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGACTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACACGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGCAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGCTGACAAACATGATCTCATCACAGGGATTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACGAGAAc > 2:370913/1‑289 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |