| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,311,197 | G→T | 16.2% | E37* (GAA→TAA) | tonB → | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,197 | 0 | G | T | 16.2% | 190.4 / 5.1 | 71 | E37* (GAA→TAA) | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/35); new base T (10/3); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTG‑CTC‑TATAC‑CTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTT‑ACGCCTGCTGATCTCGAACCG‑CCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCC‑GAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCA‑AAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCC > NC_000913/1310911‑1311485 | aaGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTG‑CTC‑TATAC‑CTCGGTACATCAGGTTATTGaa < 1:42737/289‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |