Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,004,824 | A→C | 55.3% | N321K (AAT→AAG) | ygeV ← | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,004,824 | 0 | A | C | 55.3% | 89.6 / 223.1 | 165 | N321K (AAT→AAG) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/39); new base C (48/43); total (83/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AATTCTGATTAGTTGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGA > NC_000913/3004538‑3005111 | ttGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTTGTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCt < 2:519934/289‑1 (MQ=255) 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aaTTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCaa < 1:1351342/289‑1 (MQ=255) aaTTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTAGTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGTAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTAGGTGCaa < 1:1360/289‑1 (MQ=255) aTTTCGCCTGAAACATGAATGGCATATCACCGATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCTTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCaccaac < 2:1369193/259‑1 (MQ=255) 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atatCACCTATTTCATCGGGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAAt < 2:1057173/288‑1 (MQ=255) ccTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCa < 2:320242/289‑1 (MQ=255) tttCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCTCCTGAATCAACCCTGATGTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTATAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CACTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCGTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGAATTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCt < 2:126347/247‑1 (MQ=255) 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