New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 608008 = | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/520 | NT | 4.6% | noncoding (2/1345 nt) | IS186 | repeat region |
? | NC_000913 | 1157805 = | 62 (0.580) | intergenic (+231/‑64) | ycfH/ptsG | putative DNase/fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATAACTTCGCCCGTCTGTTTCACATCGACGCTTCCCGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACG > NC_000913/1157519‑1158091 | aTAACTTCGCGCGTCTGTTTCACATCGACGCTTCCCGCCTTCAATCCATCCGGTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGCAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAGTAACGACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTAAAACGTGATAGCCGTCAAACAACTTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGAAATAAATAAAGTGCGCTTATATGCCCTTTACAGGGCAAGGca > 2:579873/1‑287 (MQ=255) 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cccGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑aaaaaaa > 2:369780/1‑289 (MQ=255) ccGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAg < 1:98248/289‑1 (MQ=255) tCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGAACTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCa < 2:334113/289‑1 (MQ=255) cAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCAt > 2:163876/1‑289 (MQ=255) tccGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGACGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTAACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCAACGCGTGAGACCGT‑AAACAAAGCACCCATACACAgg > 2:53554/1‑289 (MQ=255) gTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTTGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGc < 2:378486/289‑1 (MQ=255) 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tgtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGcc > 1:747352/1‑286 (MQ=255) tgtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCACTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTCTAAGAATACATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTCTCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACt > 2:716826/1‑289 (MQ=255) gtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACt < 1:369780/288‑1 (MQ=255) aataaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCAATCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGAttttt > 1:142542/1‑289 (MQ=255) ataaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AACAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGAAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATCCCAATGATTTTTg > 1:957876/1‑289 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGCACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGc > 1:395769/1‑289 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAg < 1:435191/176‑1 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAg > 2:435191/1‑176 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCg > 1:739141/1‑289 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCg > 2:239394/1‑289 (MQ=255) aGGGCGCTTAGATGCCCTGTTAACGGCGGGGCTCACCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGTTATCCGTACTTCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGAt < 2:957876/289‑1 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCTCTCCCCCCTTTCCACGCGTCAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCCATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGCTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTTCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGgtgt > 2:131125‑M2/26‑289 (MQ=255) cccTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCg > 1:172140/1‑289 (MQ=255) gTACACGGCGACTCTCTCCCCCCTGGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCCCCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCt < 2:861658/289‑1 (MQ=255) tACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGc > 2:757196/1‑66 (MQ=255) tACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGc < 1:757196/66‑1 (MQ=255) ggCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCaa > 1:566819/1‑289 (MQ=255) ggCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCaa > 1:566852/1‑289 (MQ=255) ggCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCaa < 1:237863/289‑1 (MQ=255) ggCTCTCTCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACg > 1:11840‑M2/3‑289 (MQ=255) ggCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACg > 2:66306‑M2/3‑289 (MQ=255) | ATAACTTCGCCCGTCTGTTTCACATCGACGCTTCCCGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGT‑AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACG > NC_000913/1157519‑1158091 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |