| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,158,383 | G→A | 10.9% | W172* (TGG→TAG) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,383 | 0 | G | A | 10.9% | 322.7 / 27.8 | 121 | W172* (TGG→TAG) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/53); new base A (7/6); total (61/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTA > NC_000913/1158102‑1158670 | cgcgCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGTCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGccgccg < 1:131674/289‑1 (MQ=255) cTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTg > 2:567042/1‑289 (MQ=255) tagCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTT‑AAACCATGGCCGTGGTTGCGCCCCTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTTGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTgg < 2:807807/286‑1 (MQ=255) gCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTg < 1:507849/289‑1 (MQ=255) gttgCCTATGGCATCATGGTT‑AAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCa < 1:160090/289‑1 (MQ=255) cTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGAcc < 2:906129/289‑1 (MQ=255) tATGGCATCATGGTTGAAACCATGGCCGGGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACGCCTGGCGGATACTAGCGTACTCGGGGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCTGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTTCCGGTAAACGCGTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCt < 1:975880/289‑1 (MQ=255) tGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTAGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCtt > 2:356256/1‑288 (MQ=255) tGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTg < 2:466800/289‑1 (MQ=255) ggttaaaCCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTggg < 1:483106/285‑1 (MQ=255) 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aTGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTCCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGCTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCACTCCCGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTTcc > 1:446442/1‑289 (MQ=255) tGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCa > 1:579390/1‑289 (MQ=255) ggCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACAGCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTCAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCTATCTTTAGTGGCGTTGTGCTGTCCTTACATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCGAGAACTTCGCTTAGTGGGCCGCTTACCa > 1:825752/1‑289 (MQ=255) ggCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGa > 1:952474/1‑263 (MQ=255) tGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAAccc > 2:304011/1‑289 (MQ=255) cgcCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCa > 2:721976/1‑277 (MQ=255) 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CGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTGCTA > NC_000913/1158102‑1158670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |