New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2438762 = | 103 (1.030) | 3 (0.030) | 3/510 | NT | 2.7% | coding (813/996 nt) | flk | putative flagella assembly protein |
? | NC_000913 | 2439232 = | 117 (1.180) | coding (889/1179 nt) | yfcJ | putative arabinose efflux transporter | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TGACCAAACTTGCGGCGGCAACGGGGGAACCCAGCAAACAGATCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAGTAACCAAACGTGGTCGCCAGCATTC > NC_000913/2438476‑2439045 | ccggccctggcgggagaacgtccatcgctgtggagcgttgtcgggcttatctggaaaccagggttaggtctggcactacaaggcgttggttttgctgttatcgggactttcgtttcgctctactttgccagcaaaggatgggcgatggcgggctttactcttaccgcgtttggcggcgcatttgtcgtgatgcgcgtcatgtttggctggatgccggaccgttttggcggcgtgaaagtggcgattgtctctctgcttgtagaaacggtgggcttgttgctgctctGGc > 2:562109‑M1/287‑289 (MQ=255) gACCACACTGGCAGCGGAAACGGGGGAACCCAGTAAACAGATCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGcc < 2:850120/289‑1 (MQ=255) gACCAAACTTGCGGCGGCAACGGGGGAACCCAGCAAACAGATCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGc > 2:750941/1‑288 (MQ=255) ccAAACTTGCGGCGGCAACGGGGGAACCCAGCAAACAGATCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCg < 2:733846/288‑1 (MQ=255) cAAACTTGCGGCGGCAACGGGGGAACCCAGCAAACAGATCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAg > 2:392032/1‑289 (MQ=255) aaCTTGCGGCGGCAACGGGGGAACCCAGCAAACAGATCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGa < 2:239619/289‑1 (MQ=255) aaCGTGCGGCGGCAACGGGGGAACCCAGCAAACCTGTCTGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATTGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTCACCATCTGGTTACCTGGCTACAGGAGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGa < 2:891060/289‑1 (MQ=255) 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tCTGGCAATCGATGCTGGAACGTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTaa < 1:585317/286‑1 (MQ=255) tGGCAATCGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGa < 2:389262/289‑1 (MQ=255) cGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATcc < 1:15732/289‑1 (MQ=255) cGATGCTGGAACTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATcc > 1:5364/1‑289 (MQ=255) aCTTTCCGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCCACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATg < 1:624354/289‑1 (MQ=255) cGGGGTGAAAGATGGCGAGTTAATTCCAGCGAAACTGTTTAACCATCTGGTGACCTGGCTACAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGCTAAAACAACCTTTAGATGCCAGTGAACTGGCGGCGTTATCGGCATATATCCAGCAAAAATATGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCg < 2:869341/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |