| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,697,740 | T→G | 15.7% | V428G (GTG→GGG) | bcsE → | cellulose production protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,697,740 | 0 | T | G | 15.7% | 166.9 / 2.1 | 76 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/45); new base G (12/4); total (27/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697507‑3697977 | tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGTTGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGAGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCGGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGAAATCATGACCATTGGGGGGAAGCGGCAGGGGgtgt > 1:453509/1‑239 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGACGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGCAGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGAGATACTGACCATTGCCGGTAATCGCCTGGGGCAGtttacaccact > 2:359822/1‑230 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGACCAACCCTGGACCCTGTG‑TCCCCCTAACCGAACCGCCGTAATCATGACCATTGCCGGCAATAGGAGTGTGGTGttttgtccaatc > 2:640583/1‑230 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGGATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATAACCATTGGCGGGAAACGGCGCGGGCGGTTTCTCCCAttt > 2:506195/1‑238 (MQ=255) 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g‑tCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGGCCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCa < 1:735343/238‑1 (MQ=255) caccccccTACCCGTTCCGGCGATTTCATGCCCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTTTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCa < 2:180878/234‑1 (MQ=255) ccgaaCCGGTCCGGCGATTTCAGGTACATTGGGGGTTAGCGGCTGGGTCTTTTTCTCTCATTCTTGCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATAGTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGtt < 1:252688/235‑1 (MQ=255) aCCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCTTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGt < 1:664873/239‑1 (MQ=255) ccGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTTCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAAACGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAAAAATGGGGCCTGCCGCTGCCTTTAACGCCAAGTTCTaaa > 1:180878/1‑233 (MQ=255) gCGATATCATGACCATTTGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTTGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGtcatc < 1:856265/239‑1 (MQ=255) cATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTCATTCTTTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGTAT‑CCTATTTTTCCATTGCCTACT‑GGCGGCATTTTTTCAAACCGTATTGTCTGGTTTTAAGATGATACAATCAGTGCCCCGCTGGTGCAGATGCCCTTTCTTGCCCCCAGAA‑AATGGGGGATGCCCCCGCCCTTAACGCCAAGATCTAAACCCGCCACCAAAGCCg > 2:55960/1‑239 (MQ=255) ttaggtccgggTTATGGGGTGGGGTTGTTTCTCTTTTTTGGTCGGATTAACGATCTTGATCCCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCa < 2:389492/230‑1 (MQ=255) aCCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 2:752065/66‑1 (MQ=255) aCCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg > 1:752065/1‑66 (MQ=255) ggCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATTTTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTgg < 1:662269/239‑1 (MQ=255) ggCTGGTGCTGTTGCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGAGACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCGACT‑GGCGACAGTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTgg < 1:489979/239‑1 (MQ=255) gTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCgcttgct < 2:188609/149‑1 (MQ=255) gTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCgcttgct > 1:188609/1‑149 (MQ=255) gTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCa > 1:984048/1‑169 (MQ=255) gTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCa < 2:984048/169‑1 (MQ=255) gTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGccctgcctcttt > 1:389492/1‑229 (MQ=255) | TATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697507‑3697977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |