| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 429,830 | T→G | 21.5% | V109G (GTG→GGG) | secF → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 429,830 | 0 | T | G | 21.5% | 182.0 / 10.7 | 88 | V109G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/48); new base G (20/2); total (38/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTC‑GTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGC > NC_000913/429598‑430057 | ctgctgTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTggg < 1:29342/239‑1 (MQ=255) tgctgTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGc > 1:817000/1‑239 (MQ=255) tttcccggggttATCGTTTGTGTGGGCGCGCGCGATTTTACCGGGGGACTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGCTATAGAAATTCCGCTCGAAAAACCGGCTTAAATTGAGGAAAGGCGTGATTGATTGCAAAAAGC‑C‑CGTTTGGAAGCGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATAACATCATGGTCCGTATGCCGCATGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCa < 2:660618/228‑1 (MQ=255) ttATTCGCTGTTTTCTTTTTGAGGGGCGGGGGCGGTTTAAACGGGGGGCTGGTTTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGAAAAAAGC‑C‑GGTTGTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCa < 2:292344/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |