Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,895,216 | T→A | 12.9% | *189K (TAA→AAA) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,895,216 | 0 | T | A | 12.9% | 188.6 / 2.9 | 81 | *189K (TAA→AAA) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/19); new base A (2/9); total (52/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCATCACGCAGTAGGAGATAAAGCCCAGCGCGATACCTTCGGTAATCGAGAAGCTGAACGGCATCATCACGGCGGTAATA > NC_000913/3894978‑3895446 | aCCGGTATTGAATCAGCCCAGCTCAATGGGCGTGATTTGCGGAGCGCGCTGTCAGTATCACTTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGATCAGAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCt < 1:778755/239‑1 (MQ=255) gACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTCCCTCGATGCAATGGAGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGTTTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGCGTTAAGT‑TCTACATAAAAAACACg > 1:918390/1‑238 (MQ=255) gCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGGACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGcacgca > 1:236004/1‑234 (MQ=255) gCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGGGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGGGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑GCAAAAAAAAAAAACCGCCAgaa > 2:1237254/1‑237 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCaa > 1:1239166/1‑239 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCaa > 1:1182958/1‑239 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAAG‑TACAAAAAAAAAAccccacagaaa > 2:344432/1‑231 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGGAAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAAAAAAAAACCACCCAGCa > 2:924208/1‑238 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACAGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGGGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATCAAACACCCGCCAGCa > 1:315851/1‑238 (MQ=255) aaTGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAAtaa > 1:298374/1‑237 (MQ=255) 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aTGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGt > 1:430446/1‑213 (MQ=255) aagggTGAGAAACAAGCCGGATTTTATGGGCGGCTGGATTCAGAAAAAAGTTGACCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGAAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATa < 1:728521/235‑1 (MQ=255) tGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGCAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGCTAAAGACAATTTTCCGGCTAAAc > 1:422430/1‑239 (MQ=255) 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agggggggggTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAAAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGTATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCa < 1:1113568/237‑1 (MQ=255) aggggCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAATGGATTGATCAGGGTACGCTGGCCCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCa < 1:344432/237‑1 (MQ=255) aTGGGTGGGGTGATTCAAAACAAAGTTGATCCGCAAACGGGAAAAGTAATTGAGCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGAAATGGCCCGCATTTGGTGAGTTTATTAAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCa < 1:342918/239‑1 (MQ=255) 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> 1:27733/1‑238 (MQ=255) cAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGGAAAAGGAAAACTTAAGGAGAAACAGCAACCCAA‑CACTTATTAAGCACGGGCGTAAATAACGCAAACCCCCGGTACCGAt > 2:686575/1‑239 (MQ=255) aaatggattgatCGGGGTACGCTGGACCCCCGGGCC‑GGGCAATTGACCTCATTTGGTGATTTTATTCAGCGAGTTAAGT‑ATAAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTtcatca < 1:686575/233‑1 (MQ=255) aGTGATTGAGCAGGGTACGCTGGTCCCATTGACC‑GGGAATGTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGATTTAAGA‑GCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCATCACg < 1:728332/238‑1 (MQ=255) 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ACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCATCACGCAGTAGGAGATAAAGCCCAGCGCGATACCTTCGGTAATCGAGAAGCTGAACGGCATCATCACGGCGGTAATA > NC_000913/3894978‑3895446 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |