| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,308,355 | G→T | 22.1% | L42M (CTG→ATG) | alsE ← | allulose‑6‑phosphate 3‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,308,355 | 0 | G | T | 22.1% | 139.5 / 34.5 | 59 | L42M (CTG→ATG) | alsE | allulose‑6‑phosphate 3‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/24); new base T (8/5); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
CATGACCGTAATTTTATCGGCCTTATGGATATAGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTACCTGCAAAATATTCAGACCGTTGTTGATGGTGCCGATGATCAACCCGCCAATCACCACAGAGAAAATGC > NC_000913/4308074‑4308637 | cagtaacGTAATTTTATCGGCCTTATGGATATAGTATTTCATGGCCTCAACTTGCGTCTCCGTGTTAAGGATCAGCCTCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTggg < 1:534349/282‑1 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ttttACGGGCCCTATGACTATATTATGTCTTGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAAGATCGGCCCCACTATCATGTCCTGACGGCGGATTTGATCAATCAGGCGGACCGCCTGGCCGTTGATGGTACCCGGATGGAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCCGTTGGGCAATGTAAGCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGGCAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGAAAAAGTGAcc < 2:374235/289‑1 (MQ=255) tATCGGCCTTATGGATATAGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTc < 1:248544/289‑1 (MQ=255) ataGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCATATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTgg > 1:256602/1‑289 (MQ=255) ataGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTgg > 2:405144/1‑289 (MQ=255) ataGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTgg > 1:97635/1‑289 (MQ=255) aGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGaa > 2:342419/1‑289 (MQ=255) 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aCTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCATATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAAt > 1:162723/1‑231 (MQ=255) cTTACGAGGAACGGGGAGAGTGTAAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGAGTTCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGGTCGATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTACCTGCAAAATATTCAGACCGTTGTTGATGGTGCCGATGATCAACCCGcc < 2:297225/288‑1 (MQ=255) aaCGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTACCTGCAAAATATTCAGACCGTTGTTGATGGTGCCGATGATCAACCCGCCAATCACcaca > 2:379557/1‑289 (MQ=255) cGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTACCTGCAAAATATTCAGACCGTTGTTGATGGTGCCGATGATCAACCCGCCAATCACCACaga > 2:547895/1‑289 (MQ=255) gtgtCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTACCTGCAAAATATTCAGACCGTTGTTGATGGTGCCGATGATCAACCCGCCAATCACCACAGAGAAAATgc > 1:106778/1‑289 (MQ=255) | CATGACCGTAATTTTATCGGCCTTATGGATATAGTATTTCATGGCCTCAACTGGCGTCTCCGGGTTAAGGATCAGCCCCACTTTCATGTCATGACGGCGGATTTCATCAATCAGGCGGAACGCCTGGCCGTTGATGGTTTCCGGATGCAGAGTGATGAAATCTGCTCCCGCACGCGCCAGTTGAGCAATGTAATCCTGCGGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTACCTGCAAAATATTCAGACCGTTGTTGATGGTGCCGATGATCAACCCGCCAATCACCACAGAGAAAATGC > NC_000913/4308074‑4308637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |